Форумы ANCHEM.RU: Показатель сходства масс-спектров - функция косинуса (точечная функция)

Российский химико-аналитический портал

химический анализ и аналитическая химия в фокусе внимания ::: портал химиков-аналитиков ::: выбор профессионалов

карта портала ::: расширенный поиск

ANCHEM.RU » Форумы » 1. Аналитический форум ...

Форум химиков-аналитиков, аналитическая химия и химический анализ.

Показатель сходства масс-спектров - функция косинуса (точечная функция) >>>

Ответов в этой теме: 8

[ Ответ на тему ]

Автор

Тема: Показатель сходства масс-спектров - функция косинуса (точечная функция)

Korvet
Пользователь
Ранг: 1114

29.01.2011 // 11:33:48

Собственно кто-нить знает где об этом можно почитать кроме Б.Л.Мильмана

ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246

virtu
VIP Member
Ранг: 2135

31.01.2011 // 17:26:16

Любопытно. Вы софт хотите сделать?
Смотрите в старой лит-ре периода "расцвета" соотв. направлений.

Korvet
Пользователь
Ранг: 1114

01.02.2011 // 4:16:12

Да, что-то типа этого.
например имеем спектр неизвестного вещества, и начинаем его по частям по определённому алгоритму прогонять по базам данных. потом можно ещё с гомологическим сдвигом определённых линий...может уже есть что-то подобное?

virtu
VIP Member
Ранг: 2135

01.02.2011 // 9:56:13

Korvet пишет:
Да, что-то типа этого.
например имеем спектр неизвестного вещества, и начинаем его по частям по определённому алгоритму прогонять по базам данных. потом можно ещё с гомологическим сдвигом определённых линий...может уже есть что-то подобное?

Я такого не встречал... поэтому, если и есть, то "хэнд мейд" или входит в какой-нибудь пакет МС-софта, но честно сказать, я о таком не слышал. Конечно, здесь надо "копать" работы тех лет, когда "народ этим увлекался", вполне вероятно, что кто-нибудь уже такое предлагал - я с таким очень часто встречался (-юсь): приходит идея, смотришь - а она уже приходила другим, лет 0.5-40 назад или, например, уже "название есть и продается".

А на англ. то, что Вы ищете, как "правильно" называется?

Korvet
Пользователь
Ранг: 1114

01.02.2011 // 20:28:49

как это правильно по английски называется я не знаю. по рунету поиск ничего хорошего мне не выдал.
Да, и не беда если это уже кем-то реализовано, мне самому интересно, притом даже не сколько результат, сколько сам процесс. так, хобби!

virtu
VIP Member
Ранг: 2135

02.02.2011 // 0:38:05

Редактировано 2 раз(а)

1. www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6TH2-44WK9DD-88&_user=10&_coverDate=09%2F30%2F1994&_fmt=abstract&_orig=search&_origin=search&_cdi=5270&view=c&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=0c30ef0d931f9911eb1877ee34e8d7c4&ref=full

Дальше по ссылкам. (Называется эта "штука" : dot-product (cosine))

2. Это еще посмотрите, может интересно будет:

www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6TH2-47W045R-1&_user=10&_coverDate=03%2F31%2F2003&_rdoc=1&_fmt=high&_orig=search&_origin=search&_sort=d&_docanchor=&view=c&_searchStrId=1627287183&_rerunOrigin=google&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=0dfd956808b2962777e97dc0a354f97f&searchtype=a

З.Ы.: Google => cosine function compare mass-spectra (искать в .ru - бесполезное занятие по понятным причинам)

Каталог ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246

Высокотемпературная лабораторная трубчатая электропечь SNOL 0,2/1250
Электропечь SNOL 0,2/1250 предназначена для проведения химических анализов, аналитических работ и разных видов термообработки при температурах от 50 °С до 1250 °С в воздушной среде в стационарных условиях. Рабочая камера электропечи состоит из корундовой трубки с двумя заглушками.

[ Информация из каталога оборудования ANCHEM.RU ]

Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777

02.02.2011 // 0:54:21

Я не знаю за косинус, но знаю за dot product. Это старый и реально медленный алгоритм и в целом не очень эффективный

Если есть время, погуглите или поищите в Pubmed на mass spectra libraries searches, реально много чего вылезет:

Мне лично нравится:

Craig, R.; Cortens, J. C.; Fenyo, D.; Beavis, R. C. Using annotated
peptide mass spectrum libraries for protein identification. J.
Proteome Res. 2006, 5, 1843–1849

Lam, H.; Deutsch, E. W.; Eddes, J. S.; Eng, J. K.; King, N.; Stein,
S. E.; Aebersold, R. Development and validation of a spectral library
searching method for peptide identification from MS/MS. Proteomics
2007, 7, 655–667.

Craig et al описал реально быструю программу, заточенную под громадные библиотеки пептидных спектров. Софт "open source".

Если интересно но до статей не добраться, дайте знать попробую помочь.

virtu
VIP Member
Ранг: 2135

02.02.2011 // 3:35:24

Spectrometrist пишет:

Craig et al описал реально быструю программу, заточенную под громадные библиотеки пептидных спектров. Софт "open source".

Что-то уважаемый Вы не в ту сторону "лепите"

Думаю, Korvet Вам сам объяснит почему...

Craig описал "велосипед", т.к. только "умственно одаренный" будет использовать классический алгоритм, когда ОЧЕВИДНО, что можно "сократить" путь. Конечно, прога будет быстрая. Статья по первой ссылке вообще "отпад". Или им нужно было хоть что-то написать, или писАли "биологи для биологов", или просто, что высоковероятно, для людей далеких от данных "тем".

И вообще, ни X!hunter, ни X!tandem мне не понравились. Может, я не умею их "правильно готовить", но с Mascot, задачи решать удавалось намного быстрее (интегрально).

Korvet
Пользователь
Ранг: 1114

03.02.2011 // 21:03:08

спасибо за ссылки, есть над чем подумать, жаль что на русском ничего нет...


Ответов в этой теме: 8	Ответ на тему

ПОСЛЕДНИЕ НОВОСТИ ANCHEM.RU: [ Все новости ]

Размещение рекламы / Контакты