Форумы ANCHEM.RU: Идентификация пептидов по масс-спектрам MALDI TOF

Российский химико-аналитический портал

химический анализ и аналитическая химия в фокусе внимания ::: портал химиков-аналитиков ::: выбор профессионалов

карта портала ::: расширенный поиск

ANCHEM.RU » Форумы » 1. Аналитический форум ...

Форум химиков-аналитиков, аналитическая химия и химический анализ.

Идентификация пептидов по масс-спектрам MALDI TOF >>>

  Ответов в этой теме: 12
  Страница: 1 2
  «« назад || далее »»

[ Ответ на тему ]

Автор

Тема: Идентификация пептидов по масс-спектрам MALDI TOF

ayuna
Пользователь
Ранг: 6

19.01.2012 // 13:27:39

подскажите пожалуйста, возможно ли провести идентификацию пептидов (ММ до 5 тыс Да) по имеющимся масс-спектрам (МАЛДИ ТОФ)? и как это можно сделать? заранее спасибо!!!

ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246

Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777

19.01.2012 // 15:49:08

ayuna пишет:
подскажите пожалуйста, возможно ли провести идентификацию пептидов (ММ до 5 тыс Да) по имеющимся масс-спектрам (МАЛДИ ТОФ)? и как это можно сделать? заранее спасибо!!!

Уточните задачу, пожалуйста.

Если это просто МАЛДИ ТОФ спектр и там есть пик какого-то пептида, то никак нельзя, нужен его (пептида) МС/МС.

Если у вас был 5 кДа пептид, его гидролизовали (ферментом?) и с гудролизата сняли МАЛДИ спектр, то в принципе можно, зависит от того сколько пептидов-продуктов гидролиза вы видите и какова точность масс (и разрешение) масс спектрометра.

Так же зависит от того есть ли исходный 5 кДа пептид (или исходный белок, из которого этот пептид пришел) в датабазе. Если нет, шансы очень малы даже если спектр гидролизата богатый. Сработает только если пептид будет сильно похож на какой то уже известный белок, скажем из родственного организма.

ayuna
Пользователь
Ранг: 6

19.01.2012 // 17:28:45

Здравствуйте!
мы выделяем экстракты (с использованием автолиза) из селезенки яков (крупно рогатый скот), далее экстракт прогоняем через гель-фильтрационную колонку., а на полученные подфракции получили масс-спектры. и хотелось бы узнать, есть ли там вообще низкомолекулярные пептиды и найти хоты бы 1??? спасибо!

Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777

19.01.2012 // 19:02:42

ayuna пишет:
Здравствуйте!
мы выделяем экстракты (с использованием автолиза) из селезенки яков (крупно рогатый скот), далее экстракт прогоняем через гель-фильтрационную колонку., а на полученные подфракции получили масс-спектры. и хотелось бы узнать, есть ли там вообще низкомолекулярные пептиды и найти хоты бы 1??? спасибо!

То что у вас во фракциях то и видите на масс спеке - если он (масс спек) сделан грамотно (линейная или рефлекс мода, например). Увидите разные сигналы.

Принадлежат ли сигналы пептидам можно (но не всегда) понять по точным (как минимум, два точных знака после запятой) массам. Это НЕ подтверждение что этот пик- пептид, а скорее так можно выкинуть заведомые не-пептиды.

Идентифицировать таким образом пептиды (т.е. понять, из какого белка они приходят) нельзя принципиально. Нужно делать МС/МС без вариантов, хотя бы на том же МАЛДИ, но я бы не стал. Надо идте на електроспрей, в вариантe ВЭЖХ МС/МС или хотя бы на прямом вводе в тандем масс спек.

virtu
VIP Member
Ранг: 2135

19.01.2012 // 21:27:53

Редактировано 1 раз(а)

Spectrometrist пишет:

То что у вас во фракциях то и видите на масс спеке - если он (масс спек) сделан грамотно (линейная или рефлекс мода, например)

Точнее, то, что ионизируется в данных условиях и данным методом, стабильно и находится в концентрации большей предела детектирования в данной конкретной ситуации.

ayuna
Пользователь
Ранг: 6

21.01.2012 // 14:15:27

Редактировано 2 раз(а)

Пользователь удалил свое сообщение

Каталог ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246

Сибагроприбор
ООО ВПК "Сибагроприбор" - производитель и поставщик аналитических приборов для контроля качества сельскохозяйственного сырья и продуктов питания.

ayuna
Пользователь
Ранг: 6

21.01.2012 // 14:22:53

хорошо! а с кем можно проконсультироваться по поводу имеющихся спеков, чтоб хотя бы вычленить не пептиды (за определенную плату, конечно). я живу в бурятии.

Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777

21.01.2012 // 18:26:39

ayuna пишет:
хорошо! а с кем можно проконсультироваться по поводу имеющихся спеков, чтоб хотя бы вычленить не пептиды (за определенную плату, конечно). я живу в бурятии.

Самое лучшее там где снимали спектры. Платы не предлагайте, вам должны помочь интерпретировать спектры. В приличном обществе сбросить клиенту спектры и не помочь разобраться как то "не по понятиям". Какие то советы даны в теме про пептидные спектры, тут ее поднимали недавно.

Но, имхо, для вас это потеря времени и ничего не даст. Я бы взглянул на спектры фракций, и где есть интенсивные сигналы где то 1000 - 2500 Да - без разницы что это может быть - пошел с этим материалом на електроспрей

forum_reader
Пользователь
Ранг: 17

21.01.2012 // 22:13:35

ayuna пишет:
хорошо! а с кем можно проконсультироваться по поводу имеющихся спеков, чтоб хотя бы вычленить не пептиды (за определенную плату, конечно). я живу в бурятии.

действительно лучше обратиться к коллегам, у которых проводили сам анализ.

Если интересно, то есть сильные масс-спектрометрические группы в Новосибирске, например...

ayuna
Пользователь
Ранг: 6

22.01.2012 // 14:08:36

а подскажите пож-та в новосибирск куда можно обратиться? очень буду благодарна!!!!
и про електроспрей, тож куда мона обратиться?!

Mirniy
Пользователь
Ранг: 8

16.04.2012 // 23:36:01

Здравствуйте. Есть задача установления структуры коротких пептидов (до 30 АКО). Возможно ли такую работу проделать, имея в арсенале элекстроспрей с одинарным квадруполем (Shimadzu 2010EV)?


Ответов в этой теме: 12 Страница: 1 2 «« назад \|\| далее »»	Ответ на тему

ПОСЛЕДНИЕ НОВОСТИ ANCHEM.RU: [ Все новости ]

Размещение рекламы / Контакты