| Российский химико-аналитический
портал |
химический анализ и аналитическая химия в фокусе внимания ::: портал химиков-аналитиков ::: выбор профессионалов |
 |
|
| ANCHEM.RU » Форумы » 1. Аналитический форум ... |
 |
софт для МС/МС спектров >>>
|
 |
| Автор | Тема: софт для МС/МС спектров | ||
|
Spectrometrist Пользователь Ранг: 777 |
 27.01.2013 // 2:49:39
Редактировано 1 раз(а) Коллеги не подскажите какой софт может помочь в решении такой задачи: есть МС/МС спектр и есть предполагаемая структура (считаем мол вес до 500 и известен точно (<1 ppm), спектры low energy CID, массы фрагментов меряем < 5 ppm). Может ли софт найти фрагменты в структуре? Понятно что можно и с калькулятором вручную для пары спектров, но когда таких спектров 100... Не ставится задача идентифицровать вещество, поиск по библиотеке делать не надо (вещества там нет). Нужно тупо и быстро найти в структуре 10-20 фрагментов (ну или сколько выйдет) по массам в спектре. За достоверность корреляции софт ответственности не несет, совпадения расчетной и эксп массы (с заданной точностью) достаточно. Да, в спектре могут быть пики не относящиеся к фрагментированному прекурсору (типа, хим фон), но это тоже наша печаль, не софта. |
||
|
ANCHEM.RU Администрация Ранг: 246 |
|||
|
virtu VIP Member Ранг: 2136 |
27.01.2013 // 17:21:30
Вы уверены, что в Вашем программном комплексе нет такого софта? Даже в относительно старом софте такая фишка есть, правда, часто в ручном режиме, а вот в современном софте есть уже авто (типа smart formula 3D, Bruker). Сам не юзал, но попробуйте: 1. 2. |
||
|
Spectrometrist Пользователь Ранг: 777 |
27.01.2013 // 18:04:42
Редактировано 1 раз(а) В моем к сожаления нету, может есть какие extensions, с этим разбираемся (не так просто, оказывается) mzmine вообще не работает с МС/МС и не коррелирует их со структурами. metlin коррелирует спектры с датабазой структур, но как создать датабазу из одной структуры и как этим всем управлять не понятно. Разбираемся. sirius пытается интерепретировать спектры де ново и строить деревья, но в наших руках работает криво и медленно, увы. К тому же невозможно дать ему структуру в каком то формате и принудить в нее смотреть. Софт сильно берет в голову изотопное распределение (которое на орбитрэпах довольно кривое) и не понимает что в МС/МС есть бэкграунд который надо игнорировать, в результате тратит дикое время ни на что. За Брукер спасибо, сейчас полезу смотреть |
||
|
virtu VIP Member Ранг: 2136 |
27.01.2013 // 20:26:17
Редактировано 1 раз(а) Смотря чей софт, бывает, данную функцию выносят в аддон из-за длинных и загребущих рук  Пишут, что доступно. Не за что, но софт проприетарный, плюс идет в программном комплексе. Но, если что, могу скинуть
|
||
|
virtu VIP Member Ранг: 2136 |
27.01.2013 // 20:39:48
Редактировано 1 раз(а) Неправильно Вас понял, подумал, что Вам просто СxHyOz надо с учетом условий, а "додумывать" Вы уже самостоятельно. Если Вам надо еще структуру прилепить, то где-то видел, проприетарный правда, софт, который это делает, надо в сети поискать. |
||
|
Spectrometrist Пользователь Ранг: 777 |
28.01.2013 // 3:01:41
mzmine (extension как в статье) корректирует элементный состав по МС/МС. Т.е. типа если массе измеренной с такой то точностью отвечают, например, 10 элементных составов, МС/МС выберет 1 и самый правильный. Это круто, но не то что мне надо (как вы правильно заметили) Т.е. посчитать элементный состав фрагмента проблемы нет (с ппм-ной то точностью, относительно мелкими массами и еще зная с чем мы в принципе имеем дело). Но вот подыскивать а что же это за фрагмент (а ведь может и нет такого, если пик из фона) вот это хотелось бы "облЕгчить'" (с) Спасибо за наводку, вроде Брукер это может. Поговорю с Брукерами за демо, или отловлю какого Брукеровского юзера в наших дальних е...ях (с). |
||
|
Каталог ANCHEM.RU Администрация Ранг: 246 |
|
||
|
virtu VIP Member Ранг: 2136 |
28.01.2013 // 15:22:51
Боюсь в этот софт структуры не прилепить (т.е. корреляции со структурой нет), плюс он обращает пристальное внимание на изотопные пики (особенность алгоритма), плюс он будет еще прекурсор искать, а у Вас, как понял, на масс-спеке его нет. Все идет к тому, что придется "ручками" - рисуете структурку в Chemsketch/ACD и - глаза боятся, а руки... Посмотрите еще: |
||
|
Spectrometrist Пользователь Ранг: 777 |
28.01.2013 // 15:50:30
Из app notes что на сайте Брукера вроде можно понять что можно (но как туда структуру вводить непонятно), я все таки их (Брукеров) поспрошаю. Ручками - ну да: Ich komme schon durch manches Land avec que la marmotte... (С) за линк спасибо, буду изучать |
||
|
Spectrometrist Пользователь Ранг: 777 |
29.01.2013 // 13:56:55
Кто нибудь работал с Mass Frontier (Thermo)? Из того что есть в литературе не понятно будет она в таком режиме работать и нужны ли ей корректные изотопы? Не потому что я изотопы не люблю или они у меня уж совсем кривые, но если я на МС/МС окошко селекции так на 4 Да раскрою, бэкграунд сильно увеличивается. |
||
|
virtu VIP Member Ранг: 2136 |
30.01.2013 // 17:25:45
Редактировано 1 раз(а) Проще с дэмкой поиграть, кстати, по-быстрому не нашел ссылок на скачивание (7.0). Если найдете рабочую - скиньте плиз. А софт, как раз то, что Вам нужно (сурок сможет отдохнуть  ). Вообще, по описанию, очень приличный софт, наверно о нем и писал выше, т.к. такого функционала больше нигде не встречал. Плохо (для нас ), что не open source/free .
|
||
|
ATem Пользователь Ранг: 655 |
30.01.2013 // 19:55:51
Добрый вечер! Господа, пожалуйста, дайте адреса электронной почты, я сброшу Вам mass frontier. Только проблема в том, что "вскрыть" его еще понадобится. Ключ генерируется очень, очень хитро, на разных компьютерах он хочет разные ключи. В свою очередь буду признателен за программу для работы с хроматограммами, в которой можно работать как в LC Solution от Шимадзу. Не нравится мне что для обработки данных придется делать целый метод в процессинге... Неудобно... |
| |
||
|
Ответов в этой теме: 34
|
||
| ЖУРНАЛ | ЛАБОРАТОРИИ | ЛИТЕРАТУРА | ОБОРУДОВАНИЕ | РАБОТА | КАЛЕНДАРЬ | ФОРУМ |
| Copyright © 2002-2022 «Аналитика-Мир профессионалов» |
|
Размещение рекламы / Контакты |
[]