Форумы ANCHEM.RU: Работа с белками

Российский химико-аналитический портал

химический анализ и аналитическая химия в фокусе внимания ::: портал химиков-аналитиков ::: выбор профессионалов

карта портала ::: расширенный поиск

ANCHEM.RU » Форумы » 1. Аналитический форум ...

Форум химиков-аналитиков, аналитическая химия и химический анализ.

Работа с белками >>>

Ответов в этой теме: 8

[ Ответ на тему ]

Автор

Тема: Работа с белками

pearl0616
Пользователь
Ранг: 1

24.04.2014 // 7:44:59

Подскажите, пожалуйста! Работаем с белками, ПФ: 0,1% ТФА и ацетонитрил, темература колонки - 40 С.
После двух дней работы, пик стал ассиметричный.
Эта ситуация повторяется на нескольких колонках: Jupiter 300 C18 , Acclaim C18 и Acclaim C8. Может кто-то сталкивался с таким?

ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246

Serga
Пользователь
Ранг: 1806

24.04.2014 // 20:41:32

Дайджесты делите? Это нормально, когда от 0,1% TFA разваливается силикагель при 40 С за 2-3 дня.
Используйте колонки со стирол-дивинилбензольным сорбентом.
А еще лучше- переходи на 0,1 % НСООН. Колонки будут жить вечно и с МС совместимость отличная.

virtu
VIP Member
Ранг: 2135

24.04.2014 // 21:16:42

Редактировано 1 раз(а)

Скорее всего белок, поэтому МК здесь не покатит.

Попробуйте сорбенты (Sil C18), оптимизированные для работы с ТФУ и белками. Или, действительно, можно попробовать сорбенты на органической матрице.
Честно сказать, сильно сомневаюсь, что произошла деструкция сорбента при 40oC и 0.1% ТФУК за 48 часов, которая привела к такой ситуации.
"Загрязнение" сорбента и, может быть, дискриминация кач./кол. состава пробы (т.е. деградация белка) более вероятны.

Serga
Пользователь
Ранг: 1806

25.04.2014 // 6:03:59

virtu пишет:
Скорее всего белок, поэтому МК здесь не покатит.

Кто делит нативные белки на С18?

С TFA?

Serga
Пользователь
Ранг: 1806

25.04.2014 // 6:30:34

Редактировано 1 раз(а)

virtu пишет:
дискриминация кач./кол. состава пробы (т.е. деградация белка) более вероятны.

Вот любишь ты напустить тумана.

Что значит эта фраза?
И кому придет в голову запускать в стандартную колонку С18, у сорбента которой размеры пор совершенно неподходящие для белков, нативный белок (а не полипептиды), да еще в компании с TFA? Это как раз для пептидов жизненно важен TFA, а не для белков, которым крайние значения рН категорически противопоказаны.
Фирмы-производители сорбентов и колонок много чего замечательного пишут про "стабильность" их сорбентов на крайних значениях рН, но даже они не отрицают, что у конкурентов "все намного хуже"...

Или, пардон, все это ты и имел в виду? Ну так и сказал бы прямо- нефиг совать белки в С18. Ваша тактичность просто не знает границ.

virtu
VIP Member
Ранг: 2135

25.04.2014 // 10:24:22

Serga пишет:
Кто делит нативные белки на С18? С TFA?

Ну, а что здесь такого? Ситуации разные бывают и белки тоже. Конечно, я имел ввиду ряд Sil С18/C8/C4 и т.д. У меня, например, в коллекции для белков и пептидов: Sil C18/Sil C8/Sil C4 с порами 200/300А.

Каталог ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246

ДельтаРС-ЭКО
Основными направлениями работы компании в сфере экологической экспертизы являются: Тепловизионная диагностика; Химический анализ воздуха, воды, грунта; Измерение уровня радиации.

virtu
VIP Member
Ранг: 2135

25.04.2014 // 10:44:48

Редактировано 1 раз(а)

Serga пишет:

virtu пишет:
дискриминация кач./кол. состава пробы (т.е. деградация белка) более вероятны.
Вот любишь ты напустить тумана.
Что значит эта фраза?

Где туман? У тебя перед глазами туман? Это плохо

Serga пишет:

И кому придет в голову запускать в стандартную колонку С18, у сорбента которой размеры пор совершенно неподходящие для белков, нативный белок (а не полипептиды), да еще в компании с TFA? Это как раз для пептидов жизненно важен TFA, а не для белков, которым крайние значения рН категорически противопоказаны.
Вообще, ТС не писал, что у него там 12нм, думаю, классика - 30нм (Jupiter 300 C18). К тому же, бывают ситуации (мелкие не гликозилированные гидрофобные белки), когда даже на 12нм (номинал) получается относительно нормальный пик. Пептиды как раз могут обойтись и МК, если на конце МС, если УФ и ОФ ВЭЖХ, и сложная смесь, то, да, лучше ТФУК. При выборе кач. состава элюента в рамках ОФ ВЭЖХ белков отталкиваются от конкретной ситуации/задачи, т.е. где-то ТФУК катит, где-то - нет.

Serga пишет:

Фирмы-производители сорбентов и колонок много чего замечательного пишут про "стабильность" их сорбентов на крайних значениях рН, но даже они не отрицают, что у конкурентов "все намного хуже"...
Ты сам с ТФУК на Sil C18/C8/C4 как много работал?

Serga
Пользователь
Ранг: 1806

25.04.2014 // 14:09:58

Редактировано 2 раз(а)

virtu пишет: Вообще, ТС не писал, что у него там 12нм,
Ты сам с ТФУК на Sil C18/C8/C4 как много работал?

Чтоб не фантазировать, давай лучше ТСа дождемся.
Вообще не работал. Надо узнатЬ, что они реально делают с колонками, что они у них сдыхают на третий день (да еще все подряд

). А то и в самом деле... хз ...
Может, у него не 0,1%, а больше... Я ничему не удивлюсь.

Намесил кто-нибудь, сколько вздумалось. Да мало ли...

virtu
VIP Member
Ранг: 2135

26.04.2014 // 22:31:01

Редактировано 1 раз(а)

Serga пишет:
Чтоб не фантазировать, давай лучше ТСа дождемся.

Ты его напугал, наверное...

Serga пишет:
Вообще не работал. Надо узнатЬ, что они реально делают с колонками, что они у них сдыхают на третий день (да еще все подряд ). А то и в самом деле... хз ...

С трудом верю, что ты не имел дела с ТФУК в рамках этой ситуации. От себя могу добавить, что сорбенты Sil C18/C8/C4, даже обычные (т.е. pH=3-7), при нормальной эксплуатации от 0.1% ТФУК и 30-40oC не умирают (совсем) за 2 дня. В основном, юзал и юзаю с ТФУК сорбенты с pH>=1-2. Все ОК.

Serga пишет:
Может, у него не 0,1%, а больше... Я ничему не удивлюсь. Намесил кто-нибудь, сколько вздумалось. Да мало ли...

Да, может быть куча всего. Был случай - люди что-то напутали и случайно изменили методику, поставив в разы большую объемную скорость. Сиквенс был длинный (1-2 дня). В итоге - просадка сорбента (Sil C18) и кривые пики.


Ответов в этой теме: 8	Ответ на тему

ПОСЛЕДНИЕ НОВОСТИ ANCHEM.RU: [ Все новости ]

Размещение рекламы / Контакты