| Российский химико-аналитический
портал |
химический анализ и аналитическая химия в фокусе внимания ::: портал химиков-аналитиков ::: выбор профессионалов |
 |
|
| ANCHEM.RU » Форумы » 1. Аналитический форум ... |
 |
SEC : противоречие >>>
|
 |
| Автор | Тема: SEC : противоречие | |||||
|
Avet Пользователь Ранг: 1086 |
 21.04.2020 // 12:09:05
Редактировано 1 раз(а) Уважаемые коллеги, колонка для эксклюзионной ВЭЖХ TSKgel® G3000SWXL . В характеристике ее указано: The fractionation range is applicable for globular protein samples up to 0.5 million Da. Т.е. 500000 Да - это 500 кДа (?). В тестовой хроматограмме первым, самым неудерживаемым веществом, является белок Thyroglobulin Т.е. тиреоглобулин с М.м. 660 кДа. Как соразмерить 500 кДа и 660 кДа? Максимум, что может удерживать эта колонка - это 500 кДа? а 660 кДа вводятся намеренно, чтобы это вещество не удерживалось? Вероятно, я что-то неправильно понимаю? Прошу не пинать сильно, эта область для меня еще нова. Заранее благодарю откликнувшихся. |
|||||
|
ANCHEM.RU Администрация Ранг: 246 |
||||||
|
voodensky Пользователь Ранг: 531 |
21.04.2020 // 12:59:04
Мне кажется, что это просто округление. Или вопрос в линейности градуировки. Трудно говорить о чем-то, без конкретной ссылки. Например, вот здесь https:// это просто вопрос представления данных. В таблице 2 просто округлили, потому что там используются цифры 1, 2 и 5. А 6,6 будет смотреться криво. Но далее идет график, где показывается линейность и 660 кДа вполне линейны. И по аккуратнее с термином "неудерживаемый белок". В грубом варианте SEC является фильтром по размерам, поэтому если Вы введете белок (или агрегат или полимер) размером например 2000кДа, то он просто застрянет на входе этого фильтра и сразу станет супер удерживающимся соединением. |
|||||
|
Avet Пользователь Ранг: 1086 |
21.04.2020 // 13:26:27
Благодарю за комментарий. Ссылки: паспорт колонки (я просто не знаю, как его здесь прикрепить, ну уж поверьте на слово, что первым выходит тиреоглобулин со временем удерживания 5,5 минут. Его м.м. из Википедии 660 кДа. Характеристика колонки: саму ссылку сбросить не могу, она огромная. Вот цельный контекст: General description Widely considered the premium columns for analyzing biopolymers by GFC, TSKgel SWXL columns feature high pore volume per unit column volume, low sample adsorption and excellent column efficiency, all contributing to unsurpassed sample resolution. With 5μm particles and 250Å pores, TSKgel G3000SWXL is an excellent choice for protein and large peptide separations. The fractionation range is applicable for globular protein samples up to 0.5 million Da. Поэтому о каких округлениях речь, честно говоря, не понял. Да, термин "неудерживаемый белок" некорректен, признаю, но суть вопроса от этого не меняется: на тестовой хроматограмме тиреоглобулин элюируется первым. |
|||||
|
vmu Пользователь Ранг: 1330 |
21.04.2020 // 14:41:36
Редактировано 1 раз(а) 0.5 миллиона Да - приблизительное число. В рассматриваемом контексте 500 кДа можно считать примерно равными 660 кДа (или их логарифмы 5.7 и 5.8 соответственно). О точном соответствии мертвому времени/объему (пределу эксклюзии) тоже речи нет. 500 кДа - примерная граница, лежащая вблизи предела эксклюзии или вблизи окончания прямолинейного участка зависимости lgM(V). Термин "неудерживаемый белок" вполне корректен. Проникает в поры - удерживается. Не проникает - не удерживается. Другое дело, что граница проникновения несколько размыта с точки зрения ее экспериментального определения. К тому же молекулы, не проникающие в поры, тоже мало-помалу разделяются, по механизму гидродинамической хроматографии. Белок с массой 2000 кДа нигде не застрянет, а пролетит со свистом. Там на некоторых хроматограммах в брошюрке перед пиком тиреоглобулина есть еще пичок, подписанный как "димер тиреоглобулина", т.е. агрегат с массой порядка 1300 кДа. |
|||||
|
voodensky Пользователь Ранг: 531 |
21.04.2020 // 15:45:16
Предыдущий пост как-раз коснулся округления. В SEC опредляются логарифмы масс, поэтому 660 и 500 кДа превращаются в 5,74 и 5,82. С учетом погрешности - одно и тоже. В таблице на 5 странице, написать величину 5*10^5 будет гораздо красивее, чем 6*10^6, так как все остальные цифры 1, 5 и внизу 2. Бессердечный маркетинг. |
|||||
|
Avet Пользователь Ранг: 1086 |
21.04.2020 // 16:35:31
Коллеги, понял, весьма признателен. |
|||||
|
Каталог ANCHEM.RU Администрация Ранг: 246 |
|
|||||
|
OldBrave VIP Member Ранг: 1330 |
21.04.2020 // 22:39:27
Редактировано 1 раз(а) Ранее, уже указывалось о резком возрастании неопределенности (погрешности) вблизи начала линейного рабочего диапазона: Для того, чтобы понять о чем речь, нужно провести мат.анализ логарифмической функции. |
| |
||
|
Ответов в этой теме: 6 |
||
| ЖУРНАЛ | ЛАБОРАТОРИИ | ЛИТЕРАТУРА | ОБОРУДОВАНИЕ | РАБОТА | КАЛЕНДАРЬ | ФОРУМ |
| Copyright © 2002-2022 «Аналитика-Мир профессионалов» |
|
Размещение рекламы / Контакты |
[]
