Форумы ANCHEM.RU: Количественная ТСХ

Российский химико-аналитический портал

химический анализ и аналитическая химия в фокусе внимания ::: портал химиков-аналитиков ::: выбор профессионалов

карта портала ::: расширенный поиск

ANCHEM.RU » Форумы » 1. Аналитический форум ...

Форум химиков-аналитиков, аналитическая химия и химический анализ.

Количественная ТСХ >>>

  Ответов в этой теме: 32
  Страница: 1 2 3 4
  «« назад || далее »»

[ Ответ на тему ]

Автор

Тема: Количественная ТСХ

dev
Пользователь
Ранг: 29

06.04.2007 // 23:03:15

Ребята, подскажите пожалуйста прирнцип расчета ТСХ-хроматограмм на основе изображений пластин, снятых со сканера.
Другими словами: с помощью каких формул расчитывать сигнал на базе возвращаемых (программно) rgb-цветов областей пятен и фона трека?
Если есть какие либо ресурсы в Сети по этому вопросу - ткните носом - буду признателен!

ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246

Slawa
Пользователь
Ранг: 323

07.04.2007 // 12:27:57

Пошарьте на форумах по молекулярной биологии. Там в какой-то из веток обсуждается анализ гель-электровореграмм. Принцип обработки ТСХ и Гелей примерно одинаков.
А зарегистрированным пользователям есть доступ на ftp с софтом для обработки. Лично я пользуюсь Phoretix1D-очень удобная.
Из бесплатного/неворованного можно посоветовать scionImage там есть плагины для обработки ТСХ-пластин.
Если наносить пробы на линию станрта площадками шириной около 0,5-1 см, то можно добиться погрешности определения не более 10%.

DSP007
VIP Member
Ранг: 2228

08.04.2007 // 0:04:22

Здесь это знает на собственном опыте один человек (Garry). А еще знают ( но не скажут пока не заплатите) на Сорбполимере .

SIG
Пользователь
Ранг: 1214

08.04.2007 // 0:05:38

Редактировано 1 раз(а)

Поищите на форуме molbiol. Там есть кое-какие программки для этого. Только хорошо поищите

и будет Вам счастье.

Victoria
Пользователь
Ранг: 32

08.04.2007 // 22:20:39

Редактировано 1 раз(а)

Полазайте по сайту www.sorbpolimer.com.ua/tsh/dens.htm
Там есть принцип расчета, можно ознакомиться с работой программы.

Олег
Пользователь
Ранг: 529

09.04.2007 // 13:50:33

Garry - это очень хорошо. Сам пробовал его программу. Но он в Украине. Посмтрите статьи в ЖАХ т.58, №3, стр 241. И его статьи в этом плане. У него тоже есть кое-что, но дороже. Может быть для идеи, что и покажется интересным.

Каталог ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246

Лабораторное оборудование, ООО
Компания предлагает комплекс услуг по созданию и развитию лаборатории - от проектирования новой до подготовки к аккредитации уже сформированной лаборатории.

Garry
VIP Member
Ранг: 1076

11.04.2007 // 16:48:34

dev пишет:
Ребята, подскажите пожалуйста прирнцип расчета ТСХ-хроматограмм на основе изображений пластин, снятых со сканера.
Другими словами: с помощью каких формул расчитывать сигнал на базе возвращаемых (программно) rgb-цветов областей пятен и фона трека?
Если есть какие либо ресурсы в Сети по этому вопросу - ткните носом - буду признателен!

Уважаемый dev, если Вы не обладаете навыками програмиста, то объяснить будет несколько сложно, но попытаюсь. Раз уж Вы заговорили о RGB (red green blue), то должны знать, что это функция задания цвета и его тонов за счет различных соотношений между основными составляющими красным-зеленым-синим. Она (то бишь функция) имеет диапазон от (0,0,0) до (255,255,255). А в числовом выражении типа Long (VB) от 0 до 16777215 . Следует знать, что 0 этой функции - цвет черный, а максимальное ее значение - белый. Все остальные цвета и оттенки - что-то промежуточное.
Обычно для того, чтобы пятно превратить в хроматографический пик нужно определиться с фоном. Т.е определить среднее значение этой RGB функции на каком-либо участке ТСХ без пятен. Затем нужно определиться с участком (хром.треком) и задать ширину трека (щели), где программно обследовать попиксельно, на предмет среднего значения функции за вычетом значения фона (но здесь нужно предусмотреть порог инвертирования сигнала !! иначе получите отрицательный сигнал в случаях если фон белый, а пятна темные или наоборот). Вычисление среднего значения функции проводят от одного края "условного" трека до другого по линии равной "толщине" одного пиксела. Полученные значения записывают в виде оцифровки (столбца цифр

) Вашей ТСХ-хроматограммы (вернее отдельно взятого трека). Ну, вот примерно, схема оцифровки (моя) реализованная в моем ТСХ-Менеджере 3.12 (уже). Если интересно загляните на мой сайтик www.garryc.chat.ru

dev
Пользователь
Ранг: 29

12.04.2007 // 21:57:42

Garry пишет:
Уважаемый dev, если Вы не обладаете навыками програмиста, то...

Ну, в какой-то степени обладаю

Обычно для того, чтобы пятно превратить в хроматографический пик нужно определиться с фоном. Т.е определить среднее значение этой RGB функции на каком-либо участке ТСХ без пятен. Затем нужно определиться с участком (хром.треком) и задать ширину трека (щели),

Так и делаю!

где программно обследовать попиксельно, на предмет среднего значения функции за вычетом значения фона. Вычисление среднего значения функции проводят от одного края "условного" трека до другого по линии равной "толщине" одного пиксела. Полученные значения записывают в виде оцифровки (столбца цифр ) Вашей ТСХ-хроматограммы (вернее отдельно взятого трека)

Спасибо за ответ, Garry! Если возможно, уточните пожалуйста правильно ли я Вас понял:

1. В качестве числового значения цвета текущего пиксела Вы используете возвращаемое пикселом Long значение цвета (как я понял, Вы работаете в бэйсике), и это значение не нужно переводить в GrayScale-шкалу диапазона 0-255.
2. Функцией отклика для текущего пиксела трека является разность Long значений цветов пикселей фона и текущего пиксела трека.
3. Функцией отклика для текущего "среза" трека в поперечном хроматографированию направлении (от границы до границы трека) является сумма этих разностей, поделенная на ширину трека в пикселах.
4. Хроматограмма строится в координатах: R_f (или пикселах по направлению движения фронта растворителя) - функция, прописанная в пункте 3.

Т.о. при расчете хроматограммы аналитическим сигналом является разность интенсивностей потоков света, отраженных от пикселей "фоновой" части пластины и пикселей трека, "измеренной" (если так можно выразиться

) сканером?
И нет необходимости пользоваться формулами Кубелки-Манка, про которые, как правило, пишется (с кожалению на уровне т лишь упоминания) в ряде книг по ТСХ (да в том же Гейсе к примеру)?

Ну, вот примерно, схема оцифровки (моя) реализованная в моем ТСХ-Менеджере

Вы написали "примерно"; если существуют какие-либо тонкости расчета про которые Вы не упомули и которые не являются коммерческой тайной (учитывая что Вы автор ТСХ-Менеджера 3.12) , но в то же время могут улучшить точность расчетов, не затруднит ли Вас вкратце упоминуть и их?

Еще раз спасибо за ответ!

Garry
VIP Member
Ранг: 1076

13.04.2007 // 11:13:45

Ого ! Молодец !
Все очень разумно и правильно.
Без Кубелки-Муна Вам не обойтись при построении калибровки. Дело в том, что существует, скажем так несколько вариантов детектирования (проявительный и эмиссионный) . Эмиссионный предполагает, что вещества флуоресциируют при воздействии на них определенных реактивов повышающих квантовый выход флуоресценции и облучая ТСХ возбуждающим эту флуоресценцию светом. В данном случае линейный диапазон между концентрацией и "глубиной" пятна гораздо шире.
Но часто используют проявительный вариант - обрабатывая ТСХ проявителями, что приводит к визуализации пятен веществ. Вот здесь то и проявляется закон Кубелки-Муна и калибровка в этом случае будет параболой. Линейным диапазоном может служить лишь узкий промежуток в концентрационном выражении от 0,5 до 7 мкг нанесенного в-ва (не более! Далее парабола!).
Тот алгоритм, который я использую, малость отличается от приведенного. Я предварительно разлагаю на значения цветовых составляющих, вычленяя значения, подверженные изменению, отбрасывая балласт. В общем, есть некоторые хитрости у каждого программиста. Например, Сорбфил-Видеоденситометр собирает информацию о яркости , а не о цветовой составляющей. Пробовал, неплохо, но не для всех случаев подходит удачно. Но для этого в VB нужны API функции. Я же разработал определенный класс, который позволяет добыть о пятнах на ТСХ любую информацию. Вот им и пользуюсь в своем ТСХ-Менеджере. А "тараканы" есть практически во всех программах.
Сводить цветную картинку к градациям серой шкалы вовсе не обязательно, хотя как одно из решений, тоже может иметь место быть. Разрабатывая что-нибудь самостоятельно, Вы должны помнить о том, что прогой будут пользоваться юзеры, которые могут быть очень далеки от сути обработки и не смогут понять, почему, если картинка цветная, я должен делать некоторые манипуляции при сканировании картинки в виде черно-белых изображений. Хочется "магии" , простоты и надежности.

dev
Пользователь
Ранг: 29

16.04.2007 // 20:45:21

Garry пишет:
Например, Сорбфил-Видеоденситометр собирает информацию о яркости , а не о цветовой составляющей

А, собственно, о какой яркости идет речь: о яркости B в цветовой модели HSB, о яркости L модели HLS, о яркости V в модели HSV, или яркости L в модели Lab ?
Из указанных цветовых моделей только аббревиатура HSB содержит термин "яркость" (B -Brightness) напрямую, однако расчет этой самой яркости в целом повторяет перевод rgb в серые полутона (отличие только в коэффициентах при rgb-составляющих, да и коэффициенты эти определяют физиологическое восприятие цвета и, соответственно, лишены физического смысла).

Спасибо за помощь !

Garry
VIP Member
Ранг: 1076

17.04.2007 // 12:27:49

Да, HSB (Hue, Saturation, Brightness). Ну не моя это идея, а -Сорбфиловская.


Ответов в этой теме: 32 Страница: 1 2 3 4 «« назад \|\| далее »»	Ответ на тему

ПОСЛЕДНИЕ НОВОСТИ ANCHEM.RU: [ Все новости ]

Размещение рекламы / Контакты