Форумы ANCHEM.RU: Помогите с анализом биологической жидкости

Российский химико-аналитический портал

химический анализ и аналитическая химия в фокусе внимания ::: портал химиков-аналитиков ::: выбор профессионалов

карта портала ::: расширенный поиск

ANCHEM.RU » Форумы » 1. Аналитический форум ...

Форум химиков-аналитиков, аналитическая химия и химический анализ.

Помогите с анализом биологической жидкости >>>

  Ответов в этой теме: 33
  Страница: 1 2 3 4
  «« назад || далее »»

[ Ответ на тему ]

Serg-bio
Пользователь
Ранг: 36

04.04.2008 // 12:01:19

Редактировано 1 раз(а)

1. Отдать на анализ людям, которые этой темой занимаются.

Если бы это было возможно, я думаю те кому это надо так бы и сделали.

2. Поехать и поучиться у людей, которые этой темой занимаются. Потом "воспроизвести" у себя.

Это моя мечта, поехать куда-нибудь и у кого-нибудь поучиться. Но боюсь если за счет организации, то она не воплотиться никогда. Я простой аналитик и не мне решать.

ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246

Garry
VIP Member
Ранг: 1076

04.04.2008 // 12:06:07

Фактически методами ВЭЖХ идентифицировать хотябы те же пептиды невозможно, для более простого решения нужны как минимум стандарты предполагаемых пептидов. Вы лишь можете попытаться доказать наличие тех или иных пептидов в экстракте.
Идентификацию пептидов без секвенации провести будет невозможно. А это гемморой еще тот.
Как минимум нужно запастись терпением , перековырять массу "плодов" и их печенок и освоить препаративное выделение всех компонентов хроматографического пептидного профиля. И только затем провести секвенацию этих выделенных пептидов. А это очень кропотливый труд и не один год работы. Да и пептиды не должны быть длиннее 10-15 остатков, а иначе не свести концы с концами.
Я просто этим всем занимался в свое время определяя первичную структуру ингибитора трипсина. Труд кошмарный.

По хроматографическому профилю, даже используя какой-нибудь экзотический детектор вы можете сказать лишь о наличии в нем каких-нибудь известных полипептидов типа тимогена, вазопрессина, окситоцина, глютатиона. Ну, можно по спектрам (с диодной матрицы) предположить о наличии в пептиде триптофана, фенилаланина или цистеина. Но это все !!!!
По-моему, задание, которое Вам дало руководство - это задание полных дилетантов.

Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777

04.04.2008 // 12:57:40

А что за организм? И какие количества доступны?

AlexGr
Пользователь
Ранг: 71

04.04.2008 // 16:51:33

Редактировано 1 раз(а)

Serg-bio пишет:

Нужно идентифицировать петиды, входящие в состав жидкости, для того чтобы потом кто-то там объяснял какие-то механизмы дествия данной жидкости, при ее использовании в лечебных целях. Вот и стоит первостепенная задача - узнать какие же там есть пепттиды.

Конкретики не прибавилось, но...
Можно сделать MALDI TOF (просто чтобы представлять с чем имеешь дело), потом выделить (любым методом: 2PAGE, препаративно и т.д. ) необходимые и развлекаться с ними как угодно (Triple quad, FTICR и т.д.)

Леонид
VIP Member
Ранг: 5266

04.04.2008 // 18:48:19

Garry пишет:
Фактически методами ВЭЖХ идентифицировать хотябы те же пептиды невозможно, для более простого решения нужны как минимум стандарты предполагаемых пептидов. Вы лишь можете попытаться доказать наличие тех или иных пептидов в экстракте.
Идентификацию пептидов без секвенации провести будет невозможно. А это гемморой еще тот.
Как минимум нужно запастись терпением , перековырять массу "плодов" и их печенок и освоить препаративное выделение всех компонентов хроматографического пептидного профиля. И только затем провести секвенацию этих выделенных пептидов. А это очень кропотливый труд и не один год работы. Да и пептиды не должны быть длиннее 10-15 остатков, а иначе не свести концы с концами.
Я просто этим всем занимался в свое время определяя первичную структуру ингибитора трипсина. Труд кошмарный.

По хроматографическому профилю, даже используя какой-нибудь экзотический детектор вы можете сказать лишь о наличии в нем каких-нибудь известных полипептидов типа тимогена, вазопрессина, окситоцина, глютатиона. Ну, можно по спектрам (с диодной матрицы) предположить о наличии в пептиде триптофана, фенилаланина или цистеина. Но это все !!!!
По-моему, задание, которое Вам дало руководство - это задание полных дилетантов.

Полностью согласен! Все именно так и есть на самом деле.
Правда, есть у Г. Барама базы данных на А-02, по которым можно идентифицировать пептиды по спектральным отношениям.
Был доклад пару-тройку лет назад на Клязьме по этой теме.
Впрочем, если сочтет нужным, Григорий Иосифович сам уточнит детали.

А старттопику нужно своему начальству озвучить сумму, в которую выльется оборудование, материалы и реактивы для решения подобной задачи.
По самым скромным оценкам понадобится около 200 килобаксов и фигова туча времени.

Проще и дешевле это дело заказать у профессионалов.

Каталог ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246

Журнал Масс-спектрометрия
Оригинальные научные статьи, обзоры, учебные и некоторые справочные материалы по всем разделам теории и практики масс-спектрометрии.

Alex&Alex
Пользователь
Ранг: 47

04.04.2008 // 23:39:43

Serg-bio пишет:
Здравствуйте уважаемые химики!!!
Нужна ваша помощь. Мне надо сделать анализ биологической жидкости, точнее нужно определить ее состав. В первую очередь надо определить пептиды, которые там есть, а потом все остальное. Жидкость получают, так сказать, при получении фетальных клеток. Берут орган у плода (например печень) измельчают и центрифугируют. И вот эту получившуюся надосадочную жидкость надо проанализировать.
Помогите мне, с чего мне начать и что для этого понадобиться.
Заранее благодарен!

Для начала прогоните супернатант через колонку с Сефадексом, например, G-25 или 50. Поскольку не знаю конкретных параметров системы и задачи, то взял бы колонку диаметром 2 см и длиной 50см. Соберите (с использованием УФ-детектора, поглощение белка на 280 нм) несколько фракций (объем фракции опять же зависит от исходного количества образца). Потом сделайте из разных фракций электрофорез в полиакриламидном геле. Получите качественную инфу о молек. весе и количестве разных пептидов в препарате. Исходя из полученных результатов, можно будет строить дальнейшую стратегию. Ну и задачу надо формулировать более четко.

Леонид
VIP Member
Ранг: 5266

05.04.2008 // 22:18:40

Alex&Alex пишет:

Serg-bio пишет:
Здравствуйте уважаемые химики!!!
Нужна ваша помощь. Мне надо сделать анализ биологической жидкости, точнее нужно определить ее состав. В первую очередь надо определить пептиды, которые там есть, а потом все остальное. Жидкость получают, так сказать, при получении фетальных клеток. Берут орган у плода (например печень) измельчают и центрифугируют. И вот эту получившуюся надосадочную жидкость надо проанализировать.
Помогите мне, с чего мне начать и что для этого понадобиться.
Заранее благодарен!
Для начала прогоните супернатант через колонку с Сефадексом, например, G-25 или 50. Поскольку не знаю конкретных параметров системы и задачи, то взял бы колонку диаметром 2 см и длиной 50см. Соберите (с использованием УФ-детектора, поглощение белка на 280 нм) несколько фракций (объем фракции опять же зависит от исходного количества образца). Потом сделайте из разных фракций электрофорез в полиакриламидном геле. Получите качественную инфу о молек. весе и количестве разных пептидов в препарате. Исходя из полученных результатов, можно будет строить дальнейшую стратегию. Ну и задачу надо формулировать более четко.

Я готов был бы согласиться с Вами, если бы все эти, во многом - справеливые советы, давались бы специалисту, который смог бы их оценить и использовать.
В данном случае, вполне резонный этап "оценки результатов экспериментов" может оказаться неподъемным для старттопика.

Извините, если кого задел, просто я себе очень хорошо представляю сколько и чего нужно сделать по данной работе, чтобы получить хоть какой то результат.

Serg-bio
Пользователь
Ранг: 36

06.04.2008 // 1:20:12

Spectrometrist пишет:
А что за организм? И какие количества доступны?

Используют человеческий материал. Информация вообще скудная, мне дали только общее представление, цель тоже (как видите) не столь конкретная. Вот скажи им, что в ней находиться и все на этом.

Serg-bio
Пользователь
Ранг: 36

06.04.2008 // 2:05:51

Редактировано 1 раз(а)

"Извините, если кого задел, просто я себе очень хорошо представляю сколько и чего нужно сделать по данной работе, чтобы получить хоть какой то результат."

Да что вы, извиняться не стоит. Я прекрасно понимал какие сообщения пойдут когда я вывешу эту тему на обсуждение. Да и прекрасно знаю, что я мало чего еще знаю (но это пока еще!).

Я нашел методу, в ней получали пептидный экстракт путем добавления ледяной уксусной к-ты, нагревании до 100 С, охлаждении, центрифугировании при 75 000. Потом к супернатанту добавляли ацетон выдерживали ночь при 4С, осадок отделяли путем центрифугировании при 40 000, растворяли в уксусной к-те, ценрифугировали и полученный супернатант лиофилизировали.
Потом на ВЭЖХ, линейный градиент 0,1% трифторуксусная кислота в воде (в ней же и растворяли) и ацетонитрил при 226 нм. Колонка Нуклеосил 5/С-18.

Хочу узнать ваше мнение. Могу ли я с этой методой найти например какие-то конкретные пептиды? А то я нахожусь в полной растеряности, мне давали совет вообще не пробовать. А может сначала сделать еще электрофорез, дабы удостовериться в наличии предпологаемых пептидов?

Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777

07.04.2008 // 0:13:22

Для начала, задумайтесь о этической составляющей этого проекта. С сугубо прагматической точки зрения, с такой постановкой задачи вы это нигде, по определению, кроме пары мурзилок российского розлива, не опубликуете.

Просто совет, ничего личного.


Ответов в этой теме: 33 Страница: 1 2 3 4 «« назад \|\| далее »»	Ответ на тему

ПОСЛЕДНИЕ НОВОСТИ ANCHEM.RU: [ Все новости ]

Размещение рекламы / Контакты