Российский химико-аналитический портал  химический анализ и аналитическая химия в фокусе внимания ::: портал химиков-аналитиков ::: выбор профессионалов  
карта портала ::: расширенный поиск              
 



ANCHEM.RU » Форумы » 1. Аналитический форум ...
  1. Аналитический форум | Список форумов | Войти в систему | Регистрация | Помощь | Последние темы | Поиск

Форум химиков-аналитиков, аналитическая химия и химический анализ.

Выбор масс-спектрометра - протеомика, биомаркеры. >>>

  Ответов в этой теме: 20
  Страница: 1 2
  «« назад || далее »»

[ Ответ на тему ]


Автор Тема: Выбор масс-спектрометра - протеомика, биомаркеры.
Gl
Пользователь
Ранг: 14

10.08.2011 // 19:15:23     
Выбираем масс-спектрометр для биолаборатории. Пока известно, что будет нужна идентификация и секвенирование белков, пептидов. Определение биомаркеров. Посттрансляционные изменения, конформации и изомеры. Возможно, что-то еще для развития. Бюджет еще формируется, пока предел неизвестен и нужно прикинуть цифры от и до.
Нужен небольшой ликбез. Какой тип прибора лучше, в чем отличия для биоанализов, какие порядки цен на разные типы.
Киньте ссылки, где почитать или расскажите в двух словах, пожалуйста.
Реклама на ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246
Размещение рекламы
ion+
Пользователь
Ранг: 2595


10.08.2011 // 19:45:47     
Редактировано 1 раз(а)

Пользователь удалил свое сообщение
forum_reader
Пользователь
Ранг: 17


10.08.2011 // 19:48:49     
На сегодняшний день в протеомике в основном используются два типа масс-спектрометров: MALDI-TOF и ESI. В идеальном варианте в протеомной лаборатории должно стоять хотя бы по одному прибору каждого типа. MALDI-TOF легче освоить и получить на нём, так желанные руководством, конкретные результаты. ESI масс-спектрометры представленный целой россыпью различных линеек, ионные ловушки, времяпролетные, троиные квадруполи и пр. В любом случае протеомный масс-спек это тандемная MS/MS (TOF/TOF) машина... Есть 5-6 всемирноизвестных производителей, предлагающих тандемные масс-спектрометры для протеомики. При выборе желательно обратить внимание на основные моменты: технические характеристики, цену, методическую поддержку и сервис в стране и в Вашем регионе особенно, и самое важное мнения Ваших коллег, у которых уже есть опять работы с такими системами в России...

Насчет цен и характеристик лучше обращаться непосредственно к фирмам. Насчет всего остального - только коллеги...

На вскидку в АЛФАВИТНОМ порядке производители:

Agilent
Bruker
Sciex
Shimadzu
Thermo
Waters

ion+
Пользователь
Ранг: 2595


10.08.2011 // 20:02:44     
www.anchem.ru/forum/read.asp?id=13170&recordnum=10
Gl
Пользователь
Ранг: 14


10.08.2011 // 20:05:09     
Спасибо.
Ионизация изначально предполагается ESI. Хотелось бы докупить к этому же прибору приставку MALDI, если возможно. По-вашему, получается, MALDI возможна только с TOF?
То что надо тандемный прибор, это понятно. Я, собственно, хотел узнать поподробнее основы про различия типов TOF/TOF, Q/TOF, QTrap, 3Q, FT и др. в плане применения в протеомике и в плане порядка цен. Типа, это круто, но дорого, а это попроще и не позволяет делать вот это. Может где почитать обзор именно в плане технологий для протеомики?
forum_reader
Пользователь
Ранг: 17


10.08.2011 // 21:05:50     
Каждый производитель будет расхваливать именно свою линейку и приборы, от этого никуда не деться... есть ряд общеизвестных очевидных факторов, которые могут Вам помочь...

Если говорить про MALDI, то эта технология работает эффективно только при глубоком вакууме, а это MALDI-TOF и только. Разрабтки MALDI интерфейсов, работающий при атмосферном давлении - это дополнительная фича некоторых брендов, но не более того... Большая часть работ по протеомике с использованием MALDI метода ионизации сделани именно на MALDI-TOF'ах. Это классика протеомики...

Касательно ESI...

FT-MS - это скорее уникальная игрушка, когда некуда деть деньги, да она обладает рядом суперских характеристик, но они избыточны для начинающей протеомной лаборатории, да и коллег в РФ ни так много, знакомых с данными системами ни на словах...

3Q (как и Qtrap'ы в большей степени) - это скорее машинки для скрининга известных компонентов...

Ионные ловушки могут делать MS/MSn, да ионы копить... вообщем неплохая рабочая лошадка...

Q-TOF'ы - данные MS/MS приборы получили широкое распространение за последние годы, в том числе и в протеомике, где зарекомендовали себя более чем отлично...

TOF/TOF - это снова к разговору о MALDI...

Дополнительно: обратитесь к фирмам-производителям - пусть они покажут Вам интересующий масс-спек в действии, проведут демонстрацию... обычно на демонстрации многие вопросы отпадают сами собой... в том числе и по сервису, что немаловажно в наших условиях...

Реклама на ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246
Размещение рекламы
Низкотемпературная лабораторная электропечь (сушильный шкаф) SNOL 220/300 Низкотемпературная лабораторная электропечь (сушильный шкаф) SNOL 220/300
Камерные электропечи нового поколения предназначены для просушки различных материалов, проведения аналитических работ в воздушной среде в стационарных условиях при температуре от 50 до 300°С.
[ Информация из каталога оборудования ANCHEM.RU ]
Gl
Пользователь
Ранг: 14


10.08.2011 // 21:19:12     
Спасибо.
Spectrometrist
Пользователь
Ранг: 777


10.08.2011 // 21:36:55     
Посмотрите эту ветку, там похожая проблема недавно обсуждалась:

anchem.ru/forum/read.asp?id=13170

Не начинайте с прибора и тем более с фирмы, начинайте с биологической задачи и понимания аналитических методов.
Gl
Пользователь
Ранг: 14


10.08.2011 // 22:31:15     
Конечно я просмотрел что мог, прежде чем начинать тему. Но там они выбрали тип прибора и выбирали между фирмами. А вот как и почему они выбрали тип прибора?
Биологическая задача на сегодня определена - идентификация биомаркеров. В том числе секвенирование и ПТМ. Хотелось бы максимум возможностей на перспективу. Собственно, в понимании аналитических методов и есть вопрос. Сейчас знакомимся с методами nanoESI-QTOF в лаборатории у коллег. Хочу узнать, что в мире MS есть другого для этих задач и насколько это лучше/хуже, дешевле/дороже. Можно тупо купить "то же, что у них", можно посмотреть, что бывает еще.
Gl
Пользователь
Ранг: 14


10.08.2011 // 22:56:05     
Вот из той ветки:



Oпределитесь что же имеено вы хотите анализировать и зачем - т.е. какую информацию ву хотите извлечь?
Мол веса? Идентификацию? Пост-трансляционные модификации?
Количественный анализ - чего? Как? - абсолютный или относительный? Какие количества - хотите ли вы драться за аттомоли, или это синтетические или рекомбинантные (о белках) продукты?
Что это - клинический скриниг с тысячами проб? Или исследовательская работа где вы готовы делать 1 пробу в день, но умереть за качество?
Когда вы ответите на эти вопросы, вы поймете какой метод ионизации вам нужен; какое ВЭЖХ (если вообще нужно); какое разрешение?
Тогда вы определите тип прибора (Q-TOF ? Orbitrap? Triple quad? Linear trap? 3D Trap?) а потом будете смотреть на фирмы.


Мол веса? Идентификацию? Пост-трансляционные модификации? Да, все это надо.
Количественный анализ пока не нужен, но может когда-нибудь понадобится относительный. Работа будет исследовательская. Хроматограф может и нужен стандартный. Изначально пробы будут биологически очищены. Разрешение - пока не понятно, но может и понадобится высокое для изомеров и ПТМ. Ну и как всегда, хочется прибор помощнее с запасом, тем более что пока потолок цены не определен, а область работ может быть и расширена под прибор.
Вот, и какую выбирать ионизацию и тип прибора для этого? Выбирать между ESI-QTOF и MALDI-TOF/TOF? Или еще добавить ESI-Orbitrap и 3Q? Понятно, что теоретической подготовки не хватает и в форуме всего не подскажут, но все же...
forum_reader
Пользователь
Ранг: 17


10.08.2011 // 22:57:23     

Gl пишет:
Сейчас знакомимся с методами nanoESI-QTOF в лаборатории у коллег. Хочу узнать, что в мире MS есть другого для этих задач и насколько это лучше/хуже, дешевле/дороже. Можно тупо купить "то же, что у них", можно посмотреть, что бывает еще.

Вот и начните с самого простого - помучайте коллег по поводу их прибора и его возможностей, постарайтесь собрать максимум информации о надежности, воспроизводимости на реальных образцах, сервисе и пр.

Наверняка периодически наведываются сервисные инженеры... их попытайте... от них часто можно получить приличный объем объективной инфы...

наверняка

  Ответов в этой теме: 20
  Страница: 1 2
  «« назад || далее »»

Ответ на тему



ПОСЛЕДНИЕ НОВОСТИ ANCHEM.RU:      [ Все новости ]

ЖУРНАЛ ЛАБОРАТОРИИ ЛИТЕРАТУРА ОБОРУДОВАНИЕ РАБОТА КАЛЕНДАРЬ ФОРУМ

Copyright © 2002-2009
«Аналитика-Мир профессионалов»

Размещение рекламы / Контакты