Форумы ANCHEM.RU: Определение аминокислотной последовательности и молекулярной массы пептидов

Российский химико-аналитический портал

химический анализ и аналитическая химия в фокусе внимания ::: портал химиков-аналитиков ::: выбор профессионалов

карта портала ::: расширенный поиск

ANCHEM.RU » Форумы » 1. Аналитический форум ...

Форум химиков-аналитиков, аналитическая химия и химический анализ.

Определение аминокислотной последовательности и молекулярной массы пептидов >>>

  Ответов в этой теме: 11
  Страница: 1 2
  «« назад || далее »»

[ Ответ на тему ]

Автор

Тема: Определение аминокислотной последовательности и молекулярной массы пептидов

Кирилл
Пользователь
Ранг: 40

15.01.2004 // 15:44:07

Тут встала задача определить молекулярную массу и аминокислотную последовательность пептидов, образующихся при ферментативном расщеплении коллагена. Какой метод лучше применить, какая есть на этот счёт литература - может, кто подскажет - буду признателен.

ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246

Serga
Пользователь
Ранг: 1806

15.01.2004 // 16:32:00

Нормальная постановка. Всего-то делов! Электрофорез вам понадобится на полиакриламиде, возможно, с градиентом геля. Можно попробовать капиллярный электрофорез. Это на первую часть вопроса. На второе вам нужен будет секвенатор и лет 5 работы, чтоб определить последовательность АК в КАЖДОМ из полученных пептидов. Проще будет, если определить АК-СОСТАВ. Можно обойтись и АК-анализатором.

Mike T.
Пользователь
Ранг: 124

15.01.2004 // 16:44:28

Метод называется 2D HPLC - ESI-MS/MS.
В Москве доступен в:
www.ibmh.msk.su/proteomics/Services.htm
В Московской обл. в:
www.protres.ru/info/

Дополнительная информация:
www.textronica.com/lcline/proteomics/proteomics.html

Кирилл
Пользователь
Ранг: 40

15.01.2004 // 19:44:23

Редактировано 2 раз(а)

Serga пишет:
Нормальная постановка. Всего-то делов! Электрофорез вам понадобится на полиакриламиде, возможно, с градиентом геля.

Большой вопрос. Консультировался с форезчиками - минимум , который мы можем поймать на градиенте - 15 KD. Пептиды же ожидаются очень короткие - 3 - 5 аминокислот.

Serga
Пользователь
Ранг: 1806

16.01.2004 // 10:28:39

Чем же вы такие короткие пептиды нарабатываете? Кислотным неполным гидролизом?

Кирилл
Пользователь
Ранг: 40

17.01.2004 // 14:24:56

Serga пишет:
Чем же вы такие короткие пептиды нарабатываете? Кислотным неполным гидролизом?

Да нет же. Расщепление коллагена идёт ферментативным методом, под воздействием коллагеназы.

Каталог ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246

Химлаборприбор, ОАО
ОАО "Химлаборприбор" - российский производитель мерной, химико-лабораторной посуды, приборов и аппаратов из стекла.

Костя
Пользователь
Ранг: 576

17.01.2004 // 14:37:09

Сиквенс дело не легкое - общепринята схема Эдмана - N-терминальный сиквенс с использованием фенилизотиоцианата, HPLC@254 нм. Для фингерпринта подходят ESI - TOF. Для С-терминального сиквенса декларируется такой подход - ESI(MALDI) как ионный источник и метод ввода, дальше квадруполь, потом коллизион целл, потом тоф, либо тоф с рефлектроном и пушкой. Заниматься этим дело всей жизни.

Serga
Пользователь
Ранг: 1806

17.01.2004 // 14:56:03

Кирилл пишет:
Расщепление коллагена идёт ферментативным методом, под воздействием коллагеназы.

Я так понимаю, что если вам требуется определить ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ АК-остатков в молекуле коллагена (но не представляю, какую практическую ценность это может иметь- а это годы работы), то нужно не доводить дело до расщепления на три- и тетрапептиды, иначе невозможно будет восстановить даже порядок чередования пептидов в коллагене. И сколько там таких пептидов будет- тысячи, десятки тысяч? Наверное, речь идет всего лишь о АК-СОСТАВЕ конкретного коллагена? Тогда, вероятно, делается исчерпывающий гидролиз и дальше- ВЭЖХ или АК-анализатор. Трудности с амидами аминокислот, да. Задача, в общем, не ясна.

Кирилл
Пользователь
Ранг: 40

20.01.2004 // 17:49:58

Редактировано 1 раз(а)

Нет. Задача состоит именно в том, чтобы определить аминокислотную последовательность КОРОТКИХ ПЕПТИДОВ, дабы выяснить механизм терапевтического действия препарата. И насколько нам известно, коллагеназа действует только по определённым аминокислотным остаткам, так что пептидов должно образоваться не так уж и много.

Алик
Пользователь
Ранг: 4

12.10.2004 // 14:56:04

Редактировано 3 раз(а)

Господа я слышал как нечто подобное раскалывалось на аджилентовском масс-детекторе XCT+ в сочетании с электрофорезом, и утверждалось, что секвенаторы должны умереть как динозавры, или же секвенатор кое в чем не заменим? Кстати если электрофорез так хорош почему он не вытеснил ВЭЖХ или хотя бы значительно потеснил(кроме новизны), я спрашиваю о научных задачах, а не о рутине.И ещё подскажите литературку подоходчивее или ссылку по электрофорезу.

Garry
VIP Member
Ранг: 1076

12.10.2004 // 15:57:35

Для измерения масс пептидов предпочтительнее все-таки либо электрофорез либо GPC (колонку(и) нужно подобрать на малые массы). А вот аминокислотную последовательность таких коротких пептидов лучше всего определить комбинированием ферментативного гидролиза с карбоксипептидазой, отбором аликвот по времени (ну скажем, через 30 минут)и реакцией продукта с дансил-хлоридом. Такие процедуры не очень-то хлопотны и трудоемки, а также не столь дороги с предлагаемыми выше.
Эдмановский секвенс, не очень-то удобная вещь, поскольку чтобы его совершить, то нужно иметь свободные аминогруппы для пришивания пептида к носителю (в случае твердофазного секвенса). А не все пептиды (а скорее эксклюзив для коллагена) имеют лизин или орнитин в своем составе.


Ответов в этой теме: 11 Страница: 1 2 «« назад \|\| далее »»	Ответ на тему

ПОСЛЕДНИЕ НОВОСТИ ANCHEM.RU: [ Все новости ]

Размещение рекламы / Контакты