| Российский химико-аналитический
портал |
химический анализ и аналитическая химия в фокусе внимания ::: портал химиков-аналитиков ::: выбор профессионалов |
 |
|
| ANCHEM.RU » Форумы » 1. Аналитический форум ... |
 |
Выбор оборудования для анализа ПТМ (в частности, гликаны) белков >>>
|
 |
| Автор | Тема: Выбор оборудования для анализа ПТМ (в частности, гликаны) белков |
|
Andrey Пользователь Ранг: 40 |
 01.02.2010 // 16:41:09
Приветствую вас, коллеги! Прошу подмоги, своего разумения пока не хватает. Есть возможность приобрести оборудование, бюджет 600(+ возможно 200) тыщ евро. Есть уже в наличии Autoflex II (Bruker) и ESI-IonTrap Deca Xp+ (Finnigan). В ближайших планах анализ модификаций белков, в частности, сахаров и фосфорилирование. Читать описание приборов на сайтах производителей одно удовольствие, чего они только не могут  Подскажите, пожалуйста, исходя из практического опыта/знаний, 1) какое оборудование, конфигурация предпочтительнее при такой задаче? 2) фирма-производитель? 3) сервис, надежность? Мы в Ростове-на-Дону, от столицы не так далеко, но и не близко. Буду очень признателен!! Спасибо! С уважением, Андрей |
|
ANCHEM.RU Администрация Ранг: 246 |
|
|
Spectrometrist Пользователь Ранг: 777 |
01.02.2010 // 18:29:10
Не просто что то посоветовать разумное, потому что задачи на фосфорилирование и гликозилирование очень не похожи по технике, особенно если с гликозилированием вам нужно определить структуру карбогидратного остатка, а не только сайт. Несколько уточнений: - идентификация белков у вас проблем не вызывает, в том числе с LC-MS/MS, так? - белки рекомбинантные или вы их выделяете откуда то? Что с количествами? - сиквенс белков известен или нет? - это исследования или сервис "за деньги"? - nanoflow LC у вас есть? Вообще, что с инфраструктурой? Фосфорилирование можно нормально делать уже на масс спектрометрах которые у вас уже есть (ну, может, не на супер- уровне, но вполне достойно). Может есть смысл больше вложить в инфраструктуру? |
|
Andrey Пользователь Ранг: 40 |
02.02.2010 // 12:21:45
Да, в нашем случае скорее нас будет интересовать определение структуры остатка, т.к. белок известен, сайты ПТМ тоже. Дело осложняется отсутствием опыта работы в этой области. Фосфорилирование - может быть делом дальнейшим, сейчас теория строится вокруг сахаров Ждем реактивы для дегли. Попробуем в лоб. Но не знаю, что получится. Как таковых - методик и баз по сахарам нет.Постараюсь ответить по уточнениям: -идентификация по MALDI пока удается проще, чем по ESI-LC/MS. -белки выделяем из плазмы, аффинка, кол-во - 150-200 мкг/250 мкл. -сиквенс хорошо известен. -исследование -nanoflow у нас есть, но нет делителя. давление на колонке определять не получается. Инфраструктура - что Вы подразумеваете, можно уточнить? Спасибо за ответ! |
|
Spectrometrist Пользователь Ранг: 777 |
02.02.2010 // 15:13:02
Понятно. Т.е белки еще будут с sequence polymorphism, плюс гетерогенные ПТМ, не обязательно связанные с гликозилированием и фосфорилированием. Будут ragged ends и еще черти что. К сожалению, hands-on experience с определением состава сахаров у меня, в общем никакой. Фосфорилирование делаем рутинно, некоторые другие модификации (methylation; acetylation; sumoylation; palmythoilation) тоже; cleavage sites, S-S bridges - редко, когда есть нужда. Так что по "сладкой химиии" я ни разу не эксперт. Учтите это, читая что я написал ниже. Мне думается вам нужен хороший тандем масс спектрометр и может лучше Q-TOF чем LTQ-Orbitrap. Идей здесь несколько: вам нужен больший диапазон масс, если придется мерить интактные массы белков и "friendly" interface, который их не будет сильно рушить; чувствительный и быстрый МС/МС с приличным (> 10,000) разрешением; чтобы легко было изолировать precursor ions (в том числе, и с unit resolution, коли понадобится); быстрые переключения из позитивной в негативную моду, желательно в real-time в течение LC-MS/MS run. Как бы все это можно организаовать и в Orbitrap, но (сугубое ИМХО) тяжелее. Конечно, вы сильно проиграете в разрешении: 100,000 это, конечно, сила. Сколько то проиграете в скорости МС/МС (при низком разрешении), но это может не так смертельно поскольку shotgun вы вроде делать не будете. Еще вам нужна хорошая, надежная nanoLC: стандарт будет 75 микронная колонка, порядка 200 нл/мин поток, желательно no flow split, желательно с UV детектором (не обязательная, но очень в практике полезная вещь). Инфраструктура: вам надо иметь возможность гнатьь пару тысяч спектров через sequence database. Соответственно, софт и приличный сервер. Ну и другие полезные вещи, как например хороший LC (не нано), для микропрепаратива. Конечно, возможны другие мнения; пусть коллеги подскажут. В лябом случае, купив хорошую машину, в минусе вы не будете. 800 тыс евро вроде очень реальная цифра, я думаю если вы будете сами вести дела с компаниями (а не отдадите это какому то дяде), в бюджет вы должны влезть. |
| |
||
|
Ответов в этой теме: 3 |
||
| ЖУРНАЛ | ЛАБОРАТОРИИ | ЛИТЕРАТУРА | ОБОРУДОВАНИЕ | РАБОТА | КАЛЕНДАРЬ | ФОРУМ |
| Copyright © 2002-2022 «Аналитика-Мир профессионалов» |
|
Размещение рекламы / Контакты |
[]
