| Российский химико-аналитический
портал |
химический анализ и аналитическая химия в фокусе внимания ::: портал химиков-аналитиков ::: выбор профессионалов |
 |
|
| ANCHEM.RU » Форумы » 1. Аналитический форум ... |
 |
Bruker autoflex speed TOF/TOF на мою седую голову >>>
|
 |
| Автор | Тема: Bruker autoflex speed TOF/TOF на мою седую голову | |||||
|
Andrew VIP Member Ранг: 1370 |
 29.06.2014 // 23:34:05
Добрый день коллеги! В ближайшие пару недель на мои седины свалится новенький масс-спектрометр Bruker autoflex speed TOF/TOF. Поздравьте либо посочувствуйте, а у кого есть опыт дрессировки этого зверя, прошу поделиться. Задачи медицинско-диагностические. |
|||||
|
ANCHEM.RU Администрация Ранг: 246 |
||||||
|
virtu VIP Member Ранг: 2135 |
 30.06.2014 // 0:58:19
Железо хорошее, сервис у Брукера по части МС (по крайней мере, в Москве) отличный. Остальное будет зависеть от соответствия железа (конфигурации и т.д.) целевым задачам. Другими словами, если соответствует, то могу поздравить, если не соответствует - сочувствую, но опыта в любом случае наберетесь 
|
|||||
|
Andrew VIP Member Ранг: 1370 |
02.09.2014 // 11:03:09
Коллеги! А есть ли у кого опыт работы в MALDI-MS? В Бремен пока не посылают. Сервис-инженера терроризирую периодически. Но может еще у кого такой зверь имеется? |
|||||
|
Spectrometrist Пользователь Ранг: 777 |
02.09.2014 // 15:45:53
А что именно вас интересует, в чем проблема? С MALDI работал и много (протеомикс), но с Брукеровским TOF/TOF нет |
|||||
|
lostbyte Пользователь Ранг: 166 |
03.09.2014 // 18:20:33
У нас аналогичный прибор стоит, правда объекты совсем другие. Если есть желание пообщаться пишите на borisov[собака]ips.ac.ru |
|||||
|
Andrew VIP Member Ранг: 1370 |
08.09.2014 // 11:23:50
Первая сложность - подготовка проб. Основной объект - кровь. Задача - поиск маркеров заболеваний. Протеомный "штрих-код". Вопрос - что выбрать: сыворотку или плазму. Взял плазму. Попробовал осадить тяжелые белки ацетонитрилом, двойным объемом. Нашел в диссере Машковского. Осадилось много. Открутил. Супернатант сдуру ввел в нанохроматограф и забил предколонку. Попробовал напрямую нанести на мишень и закристаллизовать в альфацианогидроксикоричную кислоту. Хорошие кристаллы не получаются. Мазня какая-то. Использовал насыщенный раствор в смеси 0,1% ТФУ-Ацетонитрил 1:1. Наносил и последовательно, и после предварительного смешивания. |
|||||
|
Каталог ANCHEM.RU Администрация Ранг: 246 |
|
|||||
|
Spectrometrist Пользователь Ранг: 777 |
09.09.2014 // 15:36:05
Редактировано 1 раз(а) Не обижайтесь, но это крайне неправильно и непрофессионально, включая постановку задачи. Вам надо где то стажироваться и отнюдь не в application lab Брукерa; советы на форуме вам тоже не помогут - они хороши для решения частных "тактических" проблем, вам же нужно понять какая у вас должна быть стратегия, после чего придет время "мелких (но важных) технических вопросов. Например, где вы хотите искать маркеры - в белках? метаболитах? пептидах (полно их там плавает)? липидах? гормонах? список ну очень длинный, а "везде" это ни разу не ответ. Почему вы думаете что для ваших заболеваний маркер существует? Ну, типа как в математике - докажите существование решения? Если вы нашли маркер, как независимо проверить что это правильный маркер? "Взять еще 1000 пациентов" это тоже не ответ. И таких "глобальных" вопросов будет очень, очень много, и вам нужно на них ответить прежде чем вы начнете что то мерить. |
|||||
|
virtu VIP Member Ранг: 2135 |
09.09.2014 // 17:26:38
Редактировано 1 раз(а) Поддержу "линию" Spectrometrista. Надо строго определиться с задачей/задачами, т.к. даже в рамках протеомики - это огромная тема и здесь надо четко понимать возможности железа для решения тех или иных задач. Плюс, если действительно пойдете в протеомику и никогда раньше этим не занимались, то есть смысл пройти стажировку, т.к. мелочей много, причем, львиная их доля в пробоподготовке. С медиками наверное работаете? Надо их немного "приземлить". Вам нужно сесть вместе и хорошенько поговорить о задачах, стратегии, планах и т.д. Надо всех собрать, заранее дав время на хорошую подготовку (в том числе и себе), чтобы получился конструктивный диалог. Обязательно подготовить их, что решение их задач будет не быстрым, что нужно будет такое-то финансирование, возможно, дополнительные трудовые ресурсы, стажировка и обучение и т.д. В общем, надо наводить порядок, иначе будет бардак, хаос и ничего толком у Вас не получится. |
|||||
|
Andrew VIP Member Ранг: 1370 |
11.09.2014 // 13:14:56
Редактировано 1 раз(а) Пользователь удалил свое сообщение |
|||||
|
Andrew VIP Member Ранг: 1370 |
11.09.2014 // 13:14:56
Зря недооцениваете возможности форума. Уже ваши два сообщения несут определенную пользу для меня. Хотя бы потому, что отвечают на возникший у меня вопрос: "Толи лыжи не едут, толи я .....". Работаю именно с медиками и убеждаюсь в расплывчатости постановки задачи, что вы и подтвердили. Но формирование стратегии и освоение железа вполне могут идти параллельно. И узкие вопросы тоже возникают. Например, какой раствор матрицы (альфацианогидроксикоричной кислоты) лучше готовить для мишени из полированной стали и образца в виде водно-ацетонитрильного раствора пептидов? Какая матрица лучше для белков/пептидов в диапазоне 10-70 кДа? |
|||||
|
Spectrometrist Пользователь Ранг: 777 |
11.09.2014 // 17:32:01
Пептиды (< 3 кДа) с альфациано-, вариантов как делать полно (dry droplet, thin layer, не считая экзотических вариантов. Обычный совет студенту thin layer с HCCA, dry droplet c DHB. У нас хорошо шло с AnchorChip targets, потому что можно было on target обессолить / помыть в разумных пределах, конечно. Работает замечательно, чутье аттомольное на чистых дайджестах получить легко. Белки (> 15 кДа, типа тяжелее цитохрома) в нашем опыте лучше с DHB и естественно в линейной моде. Да, разрешение никакое, но как то это работает. С белковыми смесями работает плохо, особенно где нужно >1:10 динамический диапазон. Про квантификацию реально можно забыть. Не в том соль как готовить матрицу, а в том как уменьшить соль в образце, иначе будте видеть холмы кластеров. Липиды тоже пакостят. |
| |
||
|
Ответов в этой теме: 10 |
||
| ЖУРНАЛ | ЛАБОРАТОРИИ | ЛИТЕРАТУРА | ОБОРУДОВАНИЕ | РАБОТА | КАЛЕНДАРЬ | ФОРУМ |
| Copyright © 2002-2022 «Аналитика-Мир профессионалов» |
|
Размещение рекламы / Контакты |
[]
