Российский химико-аналитический портал  химический анализ и аналитическая химия в фокусе внимания ::: портал химиков-аналитиков ::: выбор профессионалов  
карта портала ::: расширенный поиск              
 



ANCHEM.RU » Форумы » 1. Аналитический форум ...
  1. Аналитический форум | Список форумов | Войти в систему | Регистрация | Помощь | Последние темы | Поиск

Форум химиков-аналитиков, аналитическая химия и химический анализ.

Покритикуйте, пожалуйста, нашу бесплатную базу на пол миллиарда конформеров >>>

  Ответов в этой теме: 16
  Страница: 1 2
  «« назад || далее »»

[ Ответ на тему ]


Автор Тема: Покритикуйте, пожалуйста, нашу бесплатную базу на пол миллиарда конформеров
igorchem
Пользователь
Ранг: 287

23.12.2020 // 1:56:34     
Добрый день,

предлагаю Вашему вниманию предварительный релиз базы данных химических веществ с поиском по функциональным группам, на данный момент в ней 103 миллиона молекул и около 500 миллионов конформеров, которая основана на данных PubChem и которую мы планируем сами дополнять новыми данными и расчетами.

https://www.elegant-nmr.com/mdb/

Мы планируем эту базу всегда поддерживать бесплатно у нас на сайте.

С радостью выслушаю критику, замечания, отзывы, советы.
Спасибо!

С уважением и с наступающими Новогодними праздниками!

PS: знаю, что с некоторых адресов из РФ почему-то наш сайт блокируется, поделитесь, пожалуйста, информацией, если Вы это уведите
Реклама на ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246
Размещение рекламы
Avet
Пользователь
Ранг: 1003


23.12.2020 // 9:50:08     
Редактировано 1 раз(а)


igorchem пишет:
Добрый день,

предлагаю Вашему вниманию предварительный релиз базы данных химических веществ с поиском по функциональным группам, на данный момент в ней 103 миллиона молекул и около 500 миллионов конформеров, которая основана на данных PubChem и которую мы планируем сами дополнять новыми данными и расчетами.

https://www.elegant-nmr.com/mdb/

Мы планируем эту базу всегда поддерживать бесплатно у нас на сайте.

С радостью выслушаю критику, замечания, отзывы, советы.
Спасибо!

С уважением и с наступающими Новогодними праздниками!

PS: знаю, что с некоторых адресов из РФ почему-то наш сайт блокируется, поделитесь, пожалуйста, информацией, если Вы это уведите

Добрый день! Объясните, пожалуйста, как пользоваться. Я даже попытался что-то ввести, но программа не отозвалась
voodensky
Пользователь
Ранг: 330


23.12.2020 // 9:58:51     
А какие задачи она решает?
Вот, например, ввожу ограничение по массам от 194 до 194 и хочу увидеть кофеин. Но вижу только "Nothing is found".
Неужели в базе из 103 млн молекул нет кофеина?
igorchem
Пользователь
Ранг: 287


23.12.2020 // 12:56:32     
Спасибо большое за отзыв!


voodensky пишет:
Вот, например, ввожу ограничение по массам от 194 до 194 и хочу увидеть кофеин. Но вижу только "Nothing is found".

не, надо хотя бы один атом указать, а массы надо в плавающей точке задавать, ибо у кофеина чуть больше 194 масса.

Я бы делал так, ввел вначале C8 N4 O2 H10 и массы от 193 до 195.

Далее у меня получилось очень много вариантов кофеина и не только.

Перешел бы на Auxilary Search, и повторил бы там поиск, а там, найдя первую структуру кофеина с изотопами нажал бы Import to Main Search с опцией X Hydrogen, и повторил бы поиск.

В этом случае нашлось больше 50 вариантов кофеина, но которые только изотопами отличаются.

С хелпом - согласен - пока написал заумно.

Основной смысл поиска - в auxilary search ищем или остов или набор функциональных групп, а потом уже ищем в основном поиске.
igorchem
Пользователь
Ранг: 287


23.12.2020 // 15:20:36     

Добрый день! Объясните, пожалуйста, как пользоваться. Я даже попытался что-то ввести, но программа не отозвалась

Спасибо большое за отзыв!

Поправил форматы, и хелп.

Ключевая идея при поиске - это вначале выбрать те функциональные группы, что есть в молекуле для поиска, и потом сделать такой поиск.

Например, мы хотим найти все, что содержит COOH, CH3, NH2 группы и имеет не много атомов.

В этом случае вводим поочередно в Auxilary Search
1. COOH , выбираем Import to Main Search, тогда в Functional Groups добавляется CID номер 54723866,
2. CH3 , выбираем Import to Main Search, тогда в Functional Groups добавляется CID номер 3034819,
3. NH2 , выбираем Import to Main Search, тогда в Functional Groups добавляется CID номер 5460608,

Теперь мы хотим найти молекулы, которые содержат эти функциональные группы (в Functional Groups у нас из-за вспомогательного поиска осталось 54723866,3034819,59342537) , причем мы хотим найти молекулы, у которых есть от 2 до 8 атомов углерода и от 1 до 5 атомов фтора, тогда в первой строке мы запишем:

C2-8 F1-5

и нажимаем поиск.

Получается 11 молекул. У тех, у которых есть конформеры, при переключении на конформеры Вы можете мышкой повернуть и посмотреть на молекулу с разных сторон.
gingerino
Пользователь
Ранг: 200


23.12.2020 // 18:47:33     
Редактировано 1 раз(а)

Спасибо большое за ваш труд! А есть возможность по CAS номерам искать? Или ПАБкем??
Реклама на ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246
Размещение рекламы
Газовый хроматограф Bruker 436-GC Газовый хроматограф Bruker 436-GC
Bruker 436-GC – компактный газовый хроматограф, посторенный на одной архитектуре с топовой моделью 456-GC. Позволяет установить до 2 инжекторов, газохроматографический детектор и подключить масс-спектрометр в качестве второго детектора, то есть является идеальным решением для комплектации системы ГХ/МС
[ Информация из каталога оборудования ANCHEM.RU ]
igorchem
Пользователь
Ранг: 287


23.12.2020 // 19:30:28     

gingerino пишет:
Спасибо большое за ваш труд!
Спасибо большое за отзыв! С радостью вникну во все пожелания, и постараюсь их выполнить.


gingerino пишет:
А есть возможность по CAS номерам искать? Или ПАБкем??

По PubChem - это как раз по номеру CID, в четвертой строчке сверху. Можно перечислить несколько CID, можно использовать CID во вспомогательном поиске, чтобы потом искать молекулу, у которой есть такие же атомы (без учета типа связи и/или без учета водородов).

Вот по CAS - я пока не нашел где найти в открытом доступе таблицу сопоставления PubChem - CAS, если вдруг кто-то знает, где такая таблица имеется, то CAS мы сразу добавим.
SergeyK
Пользователь
Ранг: 2066


24.12.2020 // 2:07:18     
знаю, как по CAS получить список CID по REST:
GET pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/name/50-78-2/cids/JSON

{
"IdentifierList": {
"CID": [
2244
]
}
}
igorchem
Пользователь
Ранг: 287


24.12.2020 // 2:20:01     

SergeyK пишет:
GET pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/name/50-78-2/cids/JSON

Спасибо большое, SergeyK,

да, такой метод работает, только примерно один запрос в секунду (я только что в цикле с нашего сервера это попробовал). Жалко, что только за 5 лет все вытащится. Возможно можно Substances правильно парсить, но не факт, что там вся необходимая информация имеется.
SergeyK
Пользователь
Ранг: 2066


24.12.2020 // 2:25:18     
По CID получить список CAS:
GET https://cts.fiehnlab.ucdavis.edu/rest/convert/PubChem%20CID/CAS/2244
[
{
"fromIdentifier": "PubChem CID",
"toIdentifier": "CAS",
"searchTerm": "2244",
"results": [
"11126-35-5",
"156865-15-5",
"50-78-2",
"99512-66-0"
]
}
]
SergeyK
Пользователь
Ранг: 2066


24.12.2020 // 2:26:24     
cts.fiehnlab.ucdavis.edu/services

  Ответов в этой теме: 16
  Страница: 1 2
  «« назад || далее »»

Ответ на тему



ПОСЛЕДНИЕ НОВОСТИ ANCHEM.RU:      [ Все новости ]

ЖУРНАЛ ЛАБОРАТОРИИ ЛИТЕРАТУРА ОБОРУДОВАНИЕ РАБОТА КАЛЕНДАРЬ ФОРУМ

Copyright © 2002-2009
«Аналитика-Мир профессионалов»

Размещение рекламы / Контакты