| Российский химико-аналитический
портал |
химический анализ и аналитическая химия в фокусе внимания ::: портал химиков-аналитиков ::: выбор профессионалов |
 |
|
| ANCHEM.RU » Форумы » 1. Аналитический форум ... |
 |
Мнения о Micromass Q-TOF micro ESI >>>
|
 |
| Автор | Тема: Мнения о Micromass Q-TOF micro ESI | ||
|
bf109xxl Пользователь Ранг: 1727 |
 13.05.2009 // 12:32:43
Интересует сабж - вдруг кто практически сталкивался, естественно, главное - надежность и соответствие возможностей цене. Предложили нам его (б/у, пользовали его немного) дешевле 80 тыс. евров, вот сейчас и думаем - все-таки не копеечный дивайс. Нужен он нам для протеомики, хотим сделать параллельный ввод образцов после хроматографии в ESI и ИСП-МС. |
||
|
ANCHEM.RU Администрация Ранг: 246 |
|||
|
Spectrometrist Пользователь Ранг: 777 |
13.05.2009 // 19:09:53
Я непосредственно именно с micro дела не имел, но 80 тыс за Q-TOF представляются очень реальной цифрой. Если вам не идти в high-end proteomics, вполне машина послужит. У дивайса наверное разрешение будет 5,000-6,000 FWHM (поскольку он bench-top), но для рутинной работы это вполне реальная цифра. Из описания я не понял, вы пойдете за белками или пептидами - если пептиды, должно вполне хватить. В принципе ничего крамольного за Micromass машинами не водилось, разве что нарветесь на неудачный экземпляр. Если он юзанный, то риск меньше, конечно. Вообще из того что я слышал, вполне себе рабочая лошадка. Например, для core facility самое оно. |
||
|
bf109xxl Пользователь Ранг: 1727 |
13.05.2009 // 19:40:25
Спасибо за информацию. Машинку берем для белков - диапазоны масс, увы, весьма разнообразные, задача - одновременная детекция элементсодержащих белков ESI и ИСП-МС. Работа чисто исследовательская. |
||
|
Spectrometrist Пользователь Ранг: 777 |
13.05.2009 // 20:02:37
Редактировано 1 раз(а)
Тогда это не очень хорошо. Проблема в том что 5,000 разрешения это мало(вато) для белков, т.е. массы вы будете мерить без проблем, но особенно со смесями (т.е. у вас 5-6 молекулярных форм ко-элюирующихся, а то и несколько разных белов) чем больше разрешение тем лучше. Всегда есть пара метионинов которые окислятся, truncated forms (обгрызенные с С-конца сплошь и рядом), дезамидированные по паре остатков, и т.д. Плюс обычные натриевые / калиевые кластеры. В общем, разрешение никогда не мешало. Мы много гоняли эксрессированные белки в чисто сервисных целях, и что не получалось на квадруполе (низкое разрешение), немедленно шло на Q-TOF, 12,000 (реальных) было большим подспорьем. Здесь же у вас будет 5-6, а то и меньше. ИМХО, с белками за 25,000 Да намучаетесь. Для "малышей" до миоглобина (17,000 Да) все будет прилично работать |
||
|
bf109xxl Пользователь Ранг: 1727 |
14.05.2009 // 13:15:52
Я, честно говоря, так и думал с самого начала. Но другой машинки нам не светит - или эту, или никакую. В принципе, основные интересующие нас в данный момент объекты имеют массу где-то до 25 кДа. Для более высоких масс, вроде как, есть протоколы с многозарядными ионами. По крайней мере, на этой машинке уже делали что-то такое. Насколько подобные методы могут быть геморройны? |
||
|
Spectrometrist Пользователь Ранг: 777 |
14.05.2009 // 17:30:22
Конечно, здесь речь везде о многозарядных ионах. Макс. заряд, грубо, считайте 1 заряд на кДа, и будете видеть 5-15 зарядовых состояний, на вскидку. Поэтому то разрешение и помогает, ведь все пики будут "набиты" в диапазон 1000 - 2000 а.е.м. |
||
|
Каталог ANCHEM.RU Администрация Ранг: 246 |
|
||
|
Spectrometrist Пользователь Ранг: 777 |
14.05.2009 // 17:38:33
Редактировано 2 раз(а) Data acquisition вообще простое, машине все равно чего мерить. Проблемы с интерепретацией точных "deconvoluted" масс. Например, когда даже для экспрессированного белка масса не соответсвует расчетной и разница масс не имеет понятного смысла. Типа, если есть пик М+16, то можно не переживать и белок идет дальше в кристаллизацию; а что делать если видим М+20 : это М+16 неразрешилась с М+22 и тогда все ОК, или вранье в сиквенсе экспрессируемой плазмиды - тогда это ж....па и попадалово. Но, еще раз, весь мой опыт на intact protein masses это сервис для кристаллографов и всяческих bioassays, в top-down proteomics требования могут быть и сильно другими, врать не буду. |
||
|
bf109xxl Пользователь Ранг: 1727 |
14.05.2009 // 18:07:01
Редактировано 1 раз(а) Ясно. Еще раз спасибо за информацию. |
||
|
Pavel Пользователь Ранг: 81 |
14.05.2009 // 21:47:08
Редактировано 1 раз(а) По поводу надежности: насколько я знаю Waters относится негативно к людям купившим б/у прибор на вторичном рынке, поэтому техподдержку возможно тоже придется искать на стороне. Из регулярных процедур, нужно будет заменят стереющий раз в 1-2 года MCP. Конкретно с этой моделью не работал, но в целом по поводу железа нареканий нет. Переодически могут возникать глюки в коммуникации между внутренним и внешним компьютером и софтом, они обычно не смертельные, но нужно уметь их решать. Если прибор соответствует спецификации, то разрешения 6000 должно хватать для работы с белками < 30 кДа. Может быть мне везло, но мне оба раза попадались приборы, которые превосходили спецификацию. Посмотрел сейчас старые данные, при заявленном разрешении 10000 (реально 11-12000) на уровне 50 % от высоты пика после MaxEnt деконволюции разделяются окисленные формы (+16) тяжелой цепи антител, то есть около 51 кДа. |
||
|
bf109xxl Пользователь Ранг: 1727 |
15.05.2009 // 1:43:14
Ну, думаю, этот вопрос мы сможем урегулировать. "Нет спейса на дивайсе".  Большое спасибо за информацию! |
||
|
Spectrometrist Пользователь Ранг: 777 |
15.05.2009 // 9:24:00
Редактировано 1 раз(а) Только сейчас понял в постановке задачи есть что то странное. А зачем вам вообще Q-TOF, т.е. тандемная машина? Если работать с белками (т.е. не надо фрагментировать пептиды?!), то ESI TOF будет просто лучшим вариантом: а) дешевле; б) проще; в) нет ограничения на m/z (в Q-TOF не все "пролезет" через аналитический квадруполь и collision cell даже в RF-mode!). Делать MS/MS многозарядных белковых прекерсоров на разрешении bench-top'a v 5,000 дело заведомо бесполезное, т.е. если нет палнов заводить белковую химию, идти до пептидов, их фрагментировать и анализировать MS/MS спектры, вы тандемной опцией и пользоваться не будете. ESI TOF делает тот же Waters, да наверняка и еще кто нибудь. Да и на вторичном рынке они должны быть 100%, приборы такие уже очень давно делают. |
| |
||
|
Ответов в этой теме: 24
|
||
| ЖУРНАЛ | ЛАБОРАТОРИИ | ЛИТЕРАТУРА | ОБОРУДОВАНИЕ | РАБОТА | КАЛЕНДАРЬ | ФОРУМ |
| Copyright © 2002-2022 «Аналитика-Мир профессионалов» |
|
Размещение рекламы / Контакты |
[]
