Форумы ANCHEM.RU: Моделирование ИК-спектров.

Российский химико-аналитический портал

химический анализ и аналитическая химия в фокусе внимания ::: портал химиков-аналитиков ::: выбор профессионалов

карта портала ::: расширенный поиск

ANCHEM.RU » Форумы » 1. Аналитический форум ...

Форум химиков-аналитиков, аналитическая химия и химический анализ.

Моделирование ИК-спектров. >>>

  Ответов в этой теме: 33
  Страница: 1 2 3 4
  «« назад || далее »»

[ Ответ на тему ]

Marat
VIP Member
Ранг: 1776

25.08.2005 // 18:17:40

Al_chemist пишет:
Для Loader:

Примеры использования "band fitting"

life.nthu.edu.tw...20spectra%20and%20curve%20fitting

Это покажется странным, но этот пример (не конкретная ссылка, а вторичная структура пептидов)настолько "затаскан", что возникают сомнения в применимости этого метода на практике.

ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246

bf109xxl
Пользователь
Ранг: 1727

25.08.2005 // 19:41:54

Al_chemist пишет:
В моем распоряжении Origin 6.1

Ok.

Задача была провести аппроксимацию участка спектра известным числом индивидуальных полос. Для этого использовал опцию Fit Multi-Peaks

Ну, теперь понятно. Применили не тот инстрУмент. Для решения такой задачи предназначен PFM.

и вот что мне не понравилось:

Оно и понятно...

1. Можно использовать форму полос либо Лоренца либо Гаусса, а на практике - чаще всего это смешанная форма.

Я не знаю, что такое "смешанная форма", но в PFM выбор аппроксимирующей функции осуществляется индивидуально для каждого пика.

2. Невозможно жестко зафиксировать положение некоторых полос - это бывает необходимо, когда полосы близки по интенсивности, но в положении одной из них мы уверены на основании других экспериментов.

Возможно в PFM - нужно просто поставить птичку в чек-боксе "Fix" напротив соответствующего параметра.

Это, на мой взгляд, существенные недостатки.

Как видите, все эти "недостатки" легко устраняются применением правильного инструмента...

Есть еше много мелочей, связанных со сравнением удобства работы специализированного спектрального софта с Origin 6.1.

Возможно. Использование спецсофта я только приветствую, есть только одно "но" - если софт позволяет делать вывод результатов в нужном виде. Такое, увы, вовсе не является обязательным атрибутом, а скорее наоборот - редким исключением.

Использование Ориджина (и всех остальных аналогичных пакетов типа СигмаПлот и т.д.) имеет лишь одно большое преимущество - гибкость вывода графической информации/численных данных, но иногда из-за этого приходится мириться с остальными недостатками. Для этого вы можете 1)написать в Ориджине на скриптовых языках любую обработку данных сами (что я и делаю чаще всего) и 2) воспользоваться готовыми плагинами (что я тоже делаю часто). Главное - хорошо знать "матчасть"...

Al_chemist
Пользователь
Ранг: 70

26.08.2005 // 10:37:06

Marat пишет:

Al_chemist пишет:
Для Loader:

Примеры использования "band fitting"

life.nthu.edu.tw...20spectra%20and%20curve%20fitting

Это покажется странным, но этот пример (не конкретная ссылка, а вторичная структура пептидов)настолько "затаскан", что возникают сомнения в применимости этого метода на практике.

Ну извиняйте, если что не так с этим примером, в структуре пептидов - не специалист. Человек просил что-нибудь про применение "band fitting", здесь это наглядно показано.

Al_chemist
Пользователь
Ранг: 70

26.08.2005 // 11:55:59

bf109xxl пишет:

Ну, теперь понятно. Применили не тот инстрУмент. Для решения такой задачи предназначен PFM.

Я не знаю, что такое "смешанная форма", но в PFM выбор аппроксимирующей функции осуществляется индивидуально для каждого пика.

вы можете 1)написать в Ориджине на скриптовых языках любую обработку данных сами (что я и делаю чаще всего) и 2) воспользоваться готовыми плагинами (что я тоже делаю часто). Главное - хорошо знать "матчасть"...

По поводу "смешанной формы".
В колебательных спектрах даже индивидуальные полосы поглощения редко когда в реальности имеют форму на 100% описываемую Гауссом либо Лоренцом, исключение составляют наверное только спектры полученные при матричной изоляции (как правило, ниже 77К). Там можно наблюдать полосы, которые идеально совпадают с формой Гаусса.
Обычно приходится описывать индивидуальную полосу суммой 2-х полос L+G с одинаковым положением максимума. Наверное это можно сделать и в "origin", но в результате мы получим набор полос в 2 раза больше, чем в реальности, а далее нужно находить общий интеграл каждой полосы и т.д.

Специализированный спектральный софт тем и отличается, что там изначально заложена эта возможность (как %L для каждой полосы), а результатом является набор полос, каждая из которых является суммой двух форм.

А по поводу мат.части - упрек принят, поскольку я скорее чистый потребитель софта, и со скриптами занимался редко и давно.

Не постыжусь спросить. А что есть PFM?

bf109xxl
Пользователь
Ранг: 1727

26.08.2005 // 12:17:28

Редактировано 1 раз(а)

Al_chemist пишет:
Обычно приходится описывать индивидуальную полосу суммой 2-х полос L+G с одинаковым положением максимума. Наверное это можно сделать и в "origin", но в результате мы получим набор полос в 2 раза больше, чем в реальности, а далее нужно находить общий интеграл каждой полосы и т.д.

Специализированный спектральный софт тем и отличается, что там изначально заложена эта возможность (как %L для каждой полосы), а результатом является набор полос, каждая из которых является суммой двух форм.

Не буду бить себя пяткой в грудь насчет легкости решения, но мне кажется, что тут все вполне решаемо и с Ориджином. Самый очевидный путь - создать свою апроксимирующую функцию в виде суммы гауссианы и лоренцианы со своим набором параметров (положение максимума для обоих слагаемых положить одинаковым).

А по поводу мат.части - упрек принят, поскольку я скорее чистый потребитель софта, и со скриптами занимался редко и давно.

Ну, это все зависит от полноты удовлетворения стандартным софтом...

Надо будет - жизнь заставит. Я не люблю программировать, считаю это скучным занятием, но приходится...

Не постыжусь спросить. А что есть PFM?

Дык, я ж про него с самого начала писал - Peak Fitting Module для Origin'а. Специализированный плагин. В Pro-версии он, вроде, наличствует стандартно - не помню точно, как в версии 6.1, но в 7.0 и 7.5 было так - файл PFM.opk

PFM я недолюбливаю, если честно, но работать с ним вполне можно.

Каталог ANCHEM.RU
Администрация
Ранг: 246

ЦКП «Идентификация и оценка биотехнологического потенциала микроорганизмов»
Центр коллективного пользования «Идентификация и оценка биотехнологического потенциала микроорганизмов» («Биоресурсы для биотехнологии») создан на базе трех научных подразделений института ФГУП ГосНИИгенетика. В штате ЦКП 50 высококвалифицированных специалистов в области микробиологии, молекулярной генетики, аналитических методов исследований, информатики, патентоведения, ферментации и криоконсервации.

Al_chemist
Пользователь
Ранг: 70

26.08.2005 // 14:43:34

Редактировано 1 раз(а)

bf109xxl пишет:

Дык, я ж про него с самого начала писал - Peak Fitting Module для Origin'а. Специализированный плагин. В Pro-версии он, вроде, наличствует стандартно - не помню точно, как в версии 6.1, но в 7.0 и 7.5 было так - файл PFM.opk

PFM я недолюбливаю, если честно, но работать с ним вполне можно.
К сожалению, нет у меня этого плагина, и файл PFM.opk отсутствует.
Так что если опять потребуется - придется комбинировать из стандартного набора функций.
Правда в наборе стандартных функций "Origin" я нашел функцию для описания полос типа "Voigt" (это в "NonLinear Curve Fitting"). Это более сложная комбинация Гаусса и Лоренца,и дана она, естественно, для единичной полосы, для многокомпонентных спектральных участков придется писать "user defined" комбинацию из имеющегося набора - думается это возможно.

bf109xxl
Пользователь
Ранг: 1727

26.08.2005 // 15:19:39

Al_chemist пишет:
К сожалению, нет у меня этого плагина, и файл PFM.opk отсутствует.
Так что если опять потребуется - придется комбинировать из стандартного набора функций.

Беда поправимая. Если Вам действительно надо - поделюсь. Есть инсталл с мануалом для версии 6.1. А в виде плагина (opk) он уже с 7й версии пошел. Забываются вехи, однако...

Al_chemist
Пользователь
Ранг: 70

26.08.2005 // 15:46:50

bf109xxl пишет:

Беда поправимая. Если Вам действительно надо - поделюсь. Есть инсталл с мануалом для версии 6.1. А в виде плагина (opk) он уже с 7й версии пошел. Забываются вехи, однако...

Большое спасибо, от предложения не откажусь.
Вот мое e-mail:

nik_mail2004@mail.ru

bf109xxl
Пользователь
Ранг: 1727

26.08.2005 // 16:08:34

Al_chemist пишет:
Большое спасибо, от предложения не откажусь.

Вот линк: rapidshare.de/files/4385333/PFM61.rar.html
На всякий случай: после загрузки странички нужно нажать на кнопку "Free" и подождать примерно полминуты до появления линка на файл. Докачка не поддерживается, надеюсь, для 1.3 Мб это некритично.

Пароль на архив: www.anchem.ru

Al_chemist
Пользователь
Ранг: 70

26.08.2005 // 16:57:34

Что-то у меня все не заладилось: по линку вошел, после Free - файл показал, но при попытке загрузить - ответ, что по данному URL файла на сервере нет.

Да и пароля в архиве не обнаружил.

Пардон, конечно.


Ответов в этой теме: 33 Страница: 1 2 3 4 «« назад \|\| далее »»	Ответ на тему

ПОСЛЕДНИЕ НОВОСТИ ANCHEM.RU: [ Все новости ]

Размещение рекламы / Контакты