| Российский химико-аналитический
портал |
химический анализ и аналитическая химия в фокусе внимания ::: портал химиков-аналитиков ::: выбор профессионалов |
 |
|
| ANCHEM.RU » Форумы » 1. Аналитический форум ... |
 |
Моделирование ИК-спектров. >>>
|
 |
|
Marat VIP Member Ранг: 1788 |
 25.08.2005 // 18:17:40
Это покажется странным, но этот пример (не конкретная ссылка, а вторичная структура пептидов)настолько "затаскан", что возникают сомнения в применимости этого метода на практике. |
|||||
|
ANCHEM.RU Администрация Ранг: 246 |
||||||
|
bf109xxl Пользователь Ранг: 1727 |
25.08.2005 // 19:41:54
Ok. Ну, теперь понятно. Применили не тот инстрУмент. Для решения такой задачи предназначен PFM. Оно и понятно...  Я не знаю, что такое "смешанная форма", но в PFM выбор аппроксимирующей функции осуществляется индивидуально для каждого пика. Возможно в PFM - нужно просто поставить птичку в чек-боксе "Fix" напротив соответствующего параметра. Как видите, все эти "недостатки" легко устраняются применением правильного инструмента... Возможно. Использование спецсофта я только приветствую, есть только одно "но" - если софт позволяет делать вывод результатов в нужном виде. Такое, увы, вовсе не является обязательным атрибутом, а скорее наоборот - редким исключением. Использование Ориджина (и всех остальных аналогичных пакетов типа СигмаПлот и т.д.) имеет лишь одно большое преимущество - гибкость вывода графической информации/численных данных, но иногда из-за этого приходится мириться с остальными недостатками. Для этого вы можете 1)написать в Ориджине на скриптовых языках любую обработку данных сами (что я и делаю чаще всего) и 2) воспользоваться готовыми плагинами (что я тоже делаю часто). Главное - хорошо знать "матчасть"...
|
|||||
|
Al_chemist Пользователь Ранг: 70 |
26.08.2005 // 10:37:06
Ну извиняйте, если что не так с этим примером, в структуре пептидов - не специалист. Человек просил что-нибудь про применение "band fitting", здесь это наглядно показано. |
|||||
|
Al_chemist Пользователь Ранг: 70 |
26.08.2005 // 11:55:59
По поводу "смешанной формы". В колебательных спектрах даже индивидуальные полосы поглощения редко когда в реальности имеют форму на 100% описываемую Гауссом либо Лоренцом, исключение составляют наверное только спектры полученные при матричной изоляции (как правило, ниже 77К). Там можно наблюдать полосы, которые идеально совпадают с формой Гаусса. Обычно приходится описывать индивидуальную полосу суммой 2-х полос L+G с одинаковым положением максимума. Наверное это можно сделать и в "origin", но в результате мы получим набор полос в 2 раза больше, чем в реальности, а далее нужно находить общий интеграл каждой полосы и т.д. Специализированный спектральный софт тем и отличается, что там изначально заложена эта возможность (как %L для каждой полосы), а результатом является набор полос, каждая из которых является суммой двух форм. А по поводу мат.части - упрек принят, поскольку я скорее чистый потребитель софта, и со скриптами занимался редко и давно. Не постыжусь спросить. А что есть PFM? |
|||||
|
bf109xxl Пользователь Ранг: 1727 |
26.08.2005 // 12:17:28
Редактировано 1 раз(а) Не буду бить себя пяткой в грудь насчет легкости решения, но мне кажется, что тут все вполне решаемо и с Ориджином. Самый очевидный путь - создать свою апроксимирующую функцию в виде суммы гауссианы и лоренцианы со своим набором параметров (положение максимума для обоих слагаемых положить одинаковым). Ну, это все зависит от полноты удовлетворения стандартным софтом...  Надо будет - жизнь заставит. Я не люблю программировать, считаю это скучным занятием, но приходится...  Дык, я ж про него с самого начала писал - Peak Fitting Module для Origin'а. Специализированный плагин. В Pro-версии он, вроде, наличствует стандартно - не помню точно, как в версии 6.1, но в 7.0 и 7.5 было так - файл PFM.opk PFM я недолюбливаю, если честно, но работать с ним вполне можно. |
|||||
|
Каталог ANCHEM.RU Администрация Ранг: 246 |
|
|||||
|
Al_chemist Пользователь Ранг: 70 |
26.08.2005 // 14:43:34
Редактировано 1 раз(а) К сожалению, нет у меня этого плагина, и файл PFM.opk отсутствует. Так что если опять потребуется - придется комбинировать из стандартного набора функций. Правда в наборе стандартных функций "Origin" я нашел функцию для описания полос типа "Voigt" (это в "NonLinear Curve Fitting"). Это более сложная комбинация Гаусса и Лоренца,и дана она, естественно, для единичной полосы, для многокомпонентных спектральных участков придется писать "user defined" комбинацию из имеющегося набора - думается это возможно. |
|||||
|
bf109xxl Пользователь Ранг: 1727 |
26.08.2005 // 15:19:39
Беда поправимая. Если Вам действительно надо - поделюсь. Есть инсталл с мануалом для версии 6.1. А в виде плагина (opk) он уже с 7й версии пошел. Забываются вехи, однако...
|
|||||
|
Al_chemist Пользователь Ранг: 70 |
26.08.2005 // 15:46:50
Большое спасибо, от предложения не откажусь. Вот мое e-mail: nik_mail2004@mail.ru |
|||||
|
bf109xxl Пользователь Ранг: 1727 |
26.08.2005 // 16:08:34
Вот линк: На всякий случай: после загрузки странички нужно нажать на кнопку "Free" и подождать примерно полминуты до появления линка на файл. Докачка не поддерживается, надеюсь, для 1.3 Мб это некритично. Пароль на архив: |
|||||
|
Al_chemist Пользователь Ранг: 70 |
26.08.2005 // 16:57:34
Что-то у меня все не заладилось: по линку вошел, после Free - файл показал, но при попытке загрузить - ответ, что по данному URL файла на сервере нет. Да и пароля в архиве не обнаружил. Пардон, конечно. |
| |
||
|
Ответов в этой теме: 33
|
||
| ЖУРНАЛ | ЛАБОРАТОРИИ | ЛИТЕРАТУРА | ОБОРУДОВАНИЕ | РАБОТА | КАЛЕНДАРЬ | ФОРУМ |
| Copyright © 2002-2022 «Аналитика-Мир профессионалов» |
|
Размещение рекламы / Контакты |
[]
