| Российский химико-аналитический
портал |
химический анализ и аналитическая химия в фокусе внимания ::: портал химиков-аналитиков ::: выбор профессионалов |
 |
|
| ANCHEM.RU » Форумы » 1. Аналитический форум ... |
 |
масс-спектры >>>
|
 |
| Автор | Тема: масс-спектры | ||
|
Олег Пользователь Ранг: 529 |
 13.03.2007 // 13:53:26
Редактировано 1 раз(а) Уважаемые, форумчане! Не подскажите где можно получить консультацию по интепретации МС/МС спектров пептидов. Может быть кто владеет программами для секвенирования типа BioTools, SALCSA для рашифровки масс-спектров. Мне сняли спектры, а вот такой программы у ребят не оказалось. Считаю вручную (в эксэле), нахожу последовательности из 2-3 аминокислот, но полностью соединить всю информацию не могу. Хоть бы посоветоваться... Спасибо! |
||
|
ANCHEM.RU Администрация Ранг: 246 |
|||
|
Spectrometrist Пользователь Ранг: 777 |
13.03.2007 // 14:17:43
К сожалению, совет донельзя банален: обратитесь за помощью в (хорошую) протеомную лабораторию дайте им весь расклад - что за пептиды, откуда? что за прибор и тип спектров? чего надо добиться? и т.д. и т.д. 30 мин разговор со специалистом реально прояснит картину, а там и софт подберется. Не хочу никого судить, но специалисты которые сняли спектры но не знают что с ними делать, настораживают. Ну, это как хирург который разрезал - и не знает, зачем. |
||
|
lostbyte Пользователь Ранг: 166 |
13.03.2007 // 14:17:52
Могу предложить BrukerDataAnalysis 1.6-правда это достаточно старенький пакет, там есть программка Amino-подбирает под заданную массу аминокислоты (но я с ней особенно не копался). Недавно вышли по этой теме две статьи (на русском, что для многих не маловажно  ) в журнале Масс-спектрометрия (2006, том 3, №4, стр.225 и 255)-может вам будет интересно посмотреть. Автор второй статьи как раз оценивает алгоритмы идентификации пептидов-вероятно доступ к программным продуктам перечисленным там у него есть. Если не секрет-делали на MALDI или ESI?
|
||
|
Олег Пользователь Ранг: 529 |
13.03.2007 // 16:31:30
Недавно вышли по этой теме две статьи (на русском, что для многих не маловажно ) в журнале Масс-спектрометрия (2006, том 3, №4, стр.225 и 255)-может вам будет интересно посмотреть. Автор второй статьи как раз оценивает алгоритмы идентификации пептидов-вероятно доступ к программным продуктам перечисленным там у него есть. Если не секрет-делали на MALDI или ESI?Анализ проводили с использованием хроматографа Agilent 1100, детекцию (MS-анализ) и фрагментацию (MS-MS -анализ) аналитов проводили на масс-спектрометре Agilent LC/MSD Trap XCT. Аминокилоты то нашел. А вот как их соединить в правильной последовательности? Пытался находить и b и Y остатки, но получается только не совсем так. А как собрать все воедино - нужна подсказака. Не могли бы Вы выслать мне указанные статьи. У меня нет возможности просматривать эти журналы. Спасибо! |
||
|
Spectrometrist Пользователь Ранг: 777 |
13.03.2007 // 18:24:36
А вам это надо? Если вы хотите (например) идентифицировать белок по пептидным сиквенсам, так забросьте спектры в Mascot и дело с концом. Хотите de novo интерпретацию - пожалуйста, есть например интернет версия PepNovo , поищите на или PEAKS Хотите модификации, есть PepIdent от тех же авторов. Хотите идентифицировать белок через de novo, попробуйте МS BLAST или SPIDER Это так, пяток сйтов на вскидку. Продолжать можно без конца. Т.е. софта не просто много, а очень много. Но у каждого софта есть свои ограничения и минусы и здесь легко нарваться на фальш-негатив или (что хуже) фальш-позитив, потому что статистика у методов разная. Поэтому, хотите результата - говорите с профессионалами - тем более что вы с ion trap spectra работаете, где нет ни длинных фрагментных серий, и точн ость масс +/- 0.5 Da в лучшем случае, т.е. на D/N и Q/E вы будете провираться автоматом. |
||
|
Олег Пользователь Ранг: 529 |
14.03.2007 // 10:51:59
А вам это надо? Поэтому, хотите результата - говорите с профессионалами - тем более что вы с ion trap spectra работаете, где нет ни длинных фрагментных серий, и точн ость масс +/- 0.5 Da в лучшем случае, т.е. на D/N и Q/E вы будете провираться автоматом. Да, надо! А не дадите мне свой адрес для начала консультаций? Спасибо! мой: oleg4747{coбaчkа}mail.ru |
||
|
Каталог ANCHEM.RU Администрация Ранг: 246 |
|
||
|
Spectrometrist Пользователь Ранг: 777 |
14.03.2007 // 11:39:05
Редактировано 1 раз(а) Олег "А вам это надо?" - извините, я имел ввиду только de novo интерпретацию (то что вы фактически делаете), может быть было бы эффективнее обойтись поиском с неинтерпретированным спектром (mascot, peaks, x!tandem etc etc) Пожалуйста не обiжайтесь, но интерпретировать спектры по e-mail это как лечить триппер по телевизору. Если ву серьезно заинтересованы в результатах, специалист должен смотреть в raw data, а не в коллекцию peak lists. Подскажите, где вы географически, и я постараюсь дать вам разумно удаленные контакты |
||
|
Олег Пользователь Ранг: 529 |
14.03.2007 // 11:50:19
Подскажите, где вы географически, и я постараюсь дать вам разумно удаленные контакты У меня есть таблицы анализа... по ним и считаю Бываю Москве, Питере. Нахожусь в ЮФО. Элиста. |
||
|
Олег Пользователь Ранг: 529 |
14.03.2007 // 11:50:26
Подскажите, где вы географически, и я постараюсь дать вам разумно удаленные контакты У меня есть таблицы анализа... по ним и считаю Бываю Москве, Питере. Нахожусь в ЮФО. Элиста. |
||
|
Spectrometrist Пользователь Ранг: 777 |
14.03.2007 // 12:41:52
Тогда все просто: обратитесь в институт биол и мед химии в Москве у них есть сильная протеомная группа, так что проконсультировать вас они не откажут. У них, судя по сайту есть Agilent так что я вам советую взять полный LC MS/MS run (а не таблицы масс), отдать им и поросить для начала поискать через mascot, а там по обстоятельствам. У них также может быть Agilent's Spectrum Mill, тогда и de novo можно сделать прямо из raw data. Удачи! |
||
|
Олег Пользователь Ранг: 529 |
 14.03.2007 // 14:40:12
обратитесь в институт биол и мед химии в Москве у них есть сильная протеомная группа, так что проконсультировать вас они не откажут. У них, судя по сайту есть Agilent так что я вам советую взять полный LC MS/MS run (а не таблицы масс), отдать им и поросить для начала поискать через mascot, а там по обстоятельствам. У них также может быть Agilent's Spectrum Mill, тогда и de novo можно сделать прямо из raw data.  Они то мне и делали. Выслали таблицы, а расшифровывать не могут. У них программа только на человека и мышек... Так что пока удачей не пахнетВы то далеко обитаете? Чтобы посоветоваться конкретно. Или также сильно заняты 
|
| |
||
|
Ответов в этой теме: 34
|
||
| ЖУРНАЛ | ЛАБОРАТОРИИ | ЛИТЕРАТУРА | ОБОРУДОВАНИЕ | РАБОТА | КАЛЕНДАРЬ | ФОРУМ |
| Copyright © 2002-2022 «Аналитика-Мир профессионалов» |
|
Размещение рекламы / Контакты |
[]
