| Российский химико-аналитический
портал |
химический анализ и аналитическая химия в фокусе внимания ::: портал химиков-аналитиков ::: выбор профессионалов |
 |
|
| ANCHEM.RU » Форумы » 1. Аналитический форум ... |
 |
масс-спектры >>>
|
 |
|
Spectrometrist Пользователь Ранг: 777 |
 14.03.2007 // 16:27:06
Вот это блин, удар... Я их держал за серьезных людей. В любом раскладе, юзера они бросать не должны. Все равно проще будет делать на месте, чем у меня или где бы то ни было. Если у них не поставлена полная датабаза (MSDB, например), 300 спектров они могут закинуть в mascot через интернет, они точно знают как это сделать. Делали ли такой или подобный поиск? Если да, чем дело кончилось? У них должен (!) быть софт для de novo. То что вы это делаете руками, довольно бессмысленно. Как вы понимаете, de novo не зависит от датабазы. Сделав сиквенсы, делайте либо МS BLAST по ссылке, либо идите на ncbi сервер, они это должны знать. Делали де ново или нет? Чем дело кончилось? Подумайте, если это проблема контакта с теми кто делал анализы. Если да, контактируйте прямо с Николаевым (он там, кажется, за главного) и об'ясните проблему четко. Например, если даже они не могут искать в полной датабазе (НЕ ВЕРЮ!), пускай сделают mgf и попросят кого нибудь из коллег у которых Mascot сервер стоит, прогнать против полной датабазы. Займет меньше часа даже на медленном сервере. РЕзультат получите как html У них ресурсы и возможности вполне на уровне, так что (особенно если вы им платили деньги!), смело требуйте работы. Бросать юзера со спектрами один на один, если хотите, "не по понятиям" |
||
|
ANCHEM.RU Администрация Ранг: 246 |
|||
|
Олег Пользователь Ранг: 529 |
14.03.2007 // 16:45:14
Вот это блин, удар... ДА. Платил... Спасибо на добром слове! Попытаюсь добыть у них информацию. |
||
|
Spectrometrist Пользователь Ранг: 777 |
14.03.2007 // 17:00:11
Не пропадайте и, если не трудно, сообщите как пойдут дела. Дайте им линк на этот форум елси вы затрудняетесь сформулировать что вам надо, они увидят ключевые слова и сами сообразят как лучше делать. В любом случае, если вы не профессиональный масс спек или протеомный специалист, и если вы платили деньги за анализы, интерпретация спектров ЭТО НЕ ВАША РАБОТА. Это ваш последний вариант, когда вас ОФИЦИАЛЬНО уведомят что они делали все возможное (и, лист того чего они делали), но ничего не вышло - плюс все датафайлы на руки (не пик листы!) |
||
|
Олег Пользователь Ранг: 529 |
15.03.2007 // 9:51:30
Спасибо большое! |
||
|
Олег Пользователь Ранг: 529 |
22.03.2007 // 11:26:47
у них есть сильная протеомная группа, так что проконсультировать вас они не откажут. отдать им и поросить для начала поискать через mascot, а там по обстоятельствам. Удачи! Уважаемый, спектрометрист! К сожалению не знаю как Вас величать! В ИМХ мне сказали, что у них нет возможностей и посоветовали посчитать на сайте но данные e у меня получились недостоверные. Пробовали на другом, De Novo результаты - аналогичные. У меня вопрос. Мне прислали обработку по результатам анализа, общего анализа, не мс/мс. В ней, после "зарезания пиков" из десятка пиков только один мой! Можно ли доверять таким анализам. Поскольку какова вероятность, что мс/мс делали моего пика, а не случайно «соседнего». Может поэтому и результаты секвенироваия – неудовлетворительные. Спасибо! |
||
|
Каталог ANCHEM.RU Администрация Ранг: 246 |
|
||
|
Spectrometrist Пользователь Ранг: 777 |
22.03.2007 // 14:07:14
Олег, еще раз - если протеомикс не ваша прямая работа, вы не должны делать ее сами - это прежде всего неэффективно. Вы пишете: "Мне прислали обработку по результатам анализа, общего анализа, не мс/мс." Я вообще не понимаю, о каком "общем анализе идет речь", зачем "зарезать" какие-то пики, почему их несколько десятков хотя, по жизни, должно быть несколько сотен и т.д. Не могли бы вы запостить ваше письмо в ИМХ (чтобы видеть что вы точно у них спрашивали) и их ответ (что именно и почему они не могут сделать). Естественно, никакие персональные детали не нужны (кроме, подписал ли ответ шеф лаборатории, или это все пока на уровне лаборантов) Здесь явно проблема коммуникации, а не с наукой. Как только мы поймем что реально происходит, будет понятно как действовать дальше |
||
|
Олег Пользователь Ранг: 529 |
22.03.2007 // 14:43:42
Не могли бы вы запостить ваше письмо в ИМХ (чтобы видеть что вы точно у них спрашивали) и их ответ (что именно и почему они не могут сделать). Естественно, никакие персональные детали не нужны (кроме, подписал ли ответ шеф лаборатории, или это все пока на уровне лаборантов) Здесь явно проблема коммуникации, а не с наукой. Как только мы поймем что реально происходит, будет понятно как действовать дальше[/quote Имею дело с одним из рук группы мс/мс анализа. Мне неудобно обращаться к зав лабораторией, тем более он руководит другой группой - МАЛДИ. А запостить Ваше письмо - это отправить этому рук.группы? Вот его ответ на рекомендуемый Вами запрос:>>Мы постоянно работаем с Mascot и выполняем поиски по базам данных MSDB, NCBI и некоторым другим при условии, что геном организма известен. Увы, геном животного неизвестен. У Вас должен быть софт для de novo. >> У нас нет софта для de novo. Писал Вам по мылу, но Вы куда-то исчезли... |
||
|
Spectrometrist Пользователь Ранг: 777 |
22.03.2007 // 15:04:27
Уже теплее. Итак, что мы имеем: Mascot search делали, но он не дал результатов. Из ваших предидуших постов я понял что Маскот против MSDB НЕ делали Так делали или не делали? Если делали, что, вообше никаких confident hits, даже one-peptide? Трипсин / кератины / примеси? Если НЕ делали, надо сделать обязательно, без разницы известен геном или нет, очень много можно найти как x-species hit, особенно если ваш зверь млекопитающее или рептилия / амфибия. |
||
|
Олег Пользователь Ранг: 529 |
22.03.2007 // 15:40:20
Делал, думаю против MSDB, другое не подходит и ничего не получается вообще. Но полученный результат был в окрашен зеленым цветом. На другом, De Novo результаты - аналогичные. Материал рога животного. Что такое x-species hit? |
||
|
Spectrometrist Пользователь Ранг: 777 |
22.03.2007 // 16:12:34
Вообше ничего?! Ни кератина, ни трипсина , ни коллагена? Сколько МS/MS было в поиске? Что такое "результат покрашен зеленым" - это вы про МС, или МС/МС? Второй вопрос: это была полоса с геля? или вы делали digest в растворе? Это (как вы думаете) был индивидуальный протеин, или цложный экстракт, т.е вы ожидали много белков? |
| |
||
|
Ответов в этой теме: 34
|
||
| ЖУРНАЛ | ЛАБОРАТОРИИ | ЛИТЕРАТУРА | ОБОРУДОВАНИЕ | РАБОТА | КАЛЕНДАРЬ | ФОРУМ |
| Copyright © 2002-2022 «Аналитика-Мир профессионалов» |
|
Размещение рекламы / Контакты |
[]
